The effect of scale-free topology on the robustness and evolvability of genetic regulatory networks.

The effect of scale-free topology on the robustness and evolvability of genetic regulatory networks.

We investigate how scale-free (SF) and Erdos-Renyi (ER) topologies affect the interplay between evolvability and robustness of model gene regulatory networks with Boolean threshold dynamics. In agreement with Oikonomou and Cluzel (2006) we find that networks with SF(in) topologies, that is SF topolo...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Greenbury, S, Johnston, I, Smith, M, Doye, J, Louis, A
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Elsevier 2010

Những quyển sách tương tự

Genetic Correlations Greatly Increase Mutational Robustness and Can Both Reduce and Enhance Evolvability.
Bằng: Sam F Greenbury, et al.
Được phát hành: (2016-03-01)

Robustness can evolve gradually in complex regulatory gene networks with varying topology.
Bằng: Stefano Ciliberti, et al.
Được phát hành: (2007-02-01)

Evolving robust gene regulatory networks.
Bằng: Nasimul Noman, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Network topology of a potential energy landscape: a static scale-free network.
Bằng: Doye, J
Được phát hành: (2002)

On the contributions of topological features to transcriptional regulatory network robustness
Bằng: Zamal Faiyaz Al, et al.
Được phát hành: (2012-11-01)

The effect of topology on the structure and free energy landscape of DNA kissing complexes.
Bằng: Romano, F, et al.
Được phát hành: (2012)

Topological Vulnerability of Evolving Networks
Bằng: Nikolay Aleksandrovich Kinash, et al.
Được phát hành: (2015-03-01)

Scarcity of scale-free topology is universal across biochemical networks
Bằng: Harrison B. Smith, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

Rank-based edge reconstruction for scale-free genetic regulatory networks
Bằng: Almasri Eyad, et al.
Được phát hành: (2008-01-01)

Identification of a topological characteristic responsible for the biological robustness of regulatory networks.
Bằng: Yangle Wu, et al.
Được phát hành: (2009-07-01)

Controlling directed networks with evolving topologies
Bằng: Li, Guoqi, et al.
Được phát hành: (2021)

Energy landscapes, scale-free networks and Apollonian packings
Bằng: Doye, J, et al.
Được phát hành: (2006)

Robust genetic codes enhance protein evolvability.
Bằng: Hana Rozhoňová, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Evolution of evolvability in gene regulatory networks.
Bằng: Anton Crombach, et al.
Được phát hành: (2008-07-01)

Robustness and evolvability of the human signaling network.
Bằng: Junil Kim, et al.
Được phát hành: (2014-07-01)

Entropy as a Robustness Marker in Genetic Regulatory Networks
Bằng: Mustapha Rachdi, et al.
Được phát hành: (2020-02-01)

Environmental noise, genetic diversity and the evolution of evolvability and robustness in model gene networks.
Bằng: Christopher F Steiner
Được phát hành: (2012-01-01)

Interrogating the topological robustness of gene regulatory circuits by randomization.
Bằng: Bin Huang, et al.
Được phát hành: (2017-03-01)

Self-similar disk packings as model spatial scale-free networks.
Bằng: Doye, J, et al.
Được phát hành: (2005)

Symmetry and simplicity spontaneously emerge from the algorithmic nature of evolution
Bằng: Johnston, IG, et al.
Được phát hành: (2022)

Reply to Ocklenburg and Mundorf: the interplay of developmental bias and natural selection
Bằng: Johnston, IG, et al.
Được phát hành: (2022)

Are scale-free networks robust to measurement errors?
Bằng: Zhao Hongyu, et al.
Được phát hành: (2005-05-01)

Conflicting effects of recombination on the evolvability and robustness in neutrally evolving populations.
Bằng: Alexander Klug, et al.
Được phát hành: (2022-11-01)

Temporal-topological properties of higher-order evolving networks
Bằng: Alberto Ceria, et al.
Được phát hành: (2023-04-01)

Onset of Small-World Behavior in Topologically Evolving Networks
Bằng: D. E. Juanico, et al.
Được phát hành: (2003-06-01)

A tractable genotype-phenotype map modelling the self-assembly of protein quaternary structure.
Bằng: Greenbury, S, et al.
Được phát hành: (2014)

Genetic code robustness and protein evolvability are correlated and protein-specific.
Bằng: Brian P H Metzger
Được phát hành: (2024-05-01)

Scale free topology as an effective feedback system.
Bằng: Alexander Rivkind, et al.
Được phát hành: (2020-05-01)

Regulatory networks may evolve to favor adaptive foresight.
Bằng: Alejandro Couce
Được phát hành: (2024-12-01)

Genetically modified organisms: adapting regulatory frameworks for evolving genome editing technologies
Bằng: Pablo Rozas, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Characterizing the network topology of the energy landscapes of atomic clusters.
Bằng: Doye, J, et al.
Được phát hành: (2005)

EvolveNet: Evolving Networks by Learning Scale of Depth and Width
Bằng: Athul Shibu, et al.
Được phát hành: (2023-08-01)

Robust stability of interactional genetic regulatory networks with reaction-diffusion terms
Bằng: Chengye Zou, et al.
Được phát hành: (2017-08-01)

Topology Universality and Dissimilarity in a Class of Scale-Free Networks.
Bằng: Lanhua Zhang, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

Modeling algorithmic bias: simplicial complexes and evolving network topologies
Bằng: Valentina Pansanella, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

Network topology optimization by turning non-scale-free networks into scale-free networks using nonlinear preferential rewiring method
Bằng: Feng Su, et al.
Được phát hành: (2018-11-01)

Modularity, criticality, and evolvability of a developmental gene regulatory network
Bằng: Berta Verd, et al.
Được phát hành: (2019-06-01)

Genes, Genomes, and the Road to Diversity: How Regulatory Networks Evolve.
Được phát hành: (2004-12-01)

Topology and Strategy for Supply Network Robustness
Bằng: Brintrup, A, et al.
Được phát hành: (2011)

A Scale-Free Topology Construction Model for Wireless Sensor Networks
Bằng: Lurong Jiang, et al.
Được phát hành: (2014-08-01)