An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.

We present an efficient algorithm for statistical multiple alignment based on the TKF91 model of Thorne, Kishino, and Felsenstein (1991) on an arbitrary k-leaved phylogenetic tree. The existing algorithms use a hidden Markov model approach, which requires at least O( radical 5(k)) states and leads t...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Lunter, G, Miklós, I, Song, Y, Hein, J
פורמט:	Journal article
שפה:	English
יצא לאור:	2003

פריטים דומים

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
מאת: Westesson, O, et al.
יצא לאור: (2011)

Bayesian phylogenetic inference under a statistical insertion-deletion model
מאת: Lunter, G, et al.
יצא לאור: (2003)

Polynomial algorithms for the Maximal Pairing Problem: efficient phylogenetic targeting on arbitrary trees
מאת: Stadler Peter F, et al.
יצא לאור: (2010-06-01)

An algorithm for statistical alignment of sequences related by a binary tree.
מאת: Hein, J
יצא לאור: (2001)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
מאת: Satija, R, et al.
יצא לאור: (2010)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.
מאת: de Groot, S, et al.
יצא לאור: (2008)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
מאת: Lunter, G, et al.
יצא לאור: (2005)

Recursions for statistical multiple alignment.
מאת: Hein, J, et al.
יצא לאור: (2003)

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
מאת: Satija, R, et al.
יצא לאור: (2008)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
מאת: Jensen, J, et al.
יצא לאור: (2005)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
מאת: Satija, R, et al.
יצא לאור: (2009)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach
מאת: Lunter Gerton, et al.
יצא לאור: (2008-07-01)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
מאת: Novák, A, et al.
יצא לאור: (2008)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
מאת: Jensen Jens, et al.
יצא לאור: (2005-04-01)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
מאת: Miklós István, et al.
יצא לאור: (2009-08-01)

DendroBLAST: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments
מאת: Kelly, S, et al.
יצא לאור: (2013)

DendroBlast: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments
מאת: Kelly, S, et al.
יצא לאור: (2013)

DendroBLAST: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments.
מאת: Steven Kelly, et al.
יצא לאור: (2013-01-01)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
מאת: Miklos, I, et al.
יצא לאור: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
מאת: Miklós, I, et al.
יצא לאור: (2004)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
מאת: Szabó, A, et al.
יצא לאור: (2010)

Efficient representation of uncertainty in multiple sequence alignments using directed acyclic graphs
מאת: Herman, J, et al.
יצא לאור: (2015)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
מאת: Westesson, O, et al.
יצא לאור: (2012)

Stability of multiple alignments and phylogenetic trees: an analysis of ABC-transporter proteins family
מאת: Dress Andreas, et al.
יצא לאור: (2008-11-01)

HAlign-II: efficient ultra-large multiple sequence alignment and phylogenetic tree reconstruction with distributed and parallel computing
מאת: Shixiang Wan, et al.
יצא לאור: (2017-09-01)

Reticular alignment: A progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment
מאת: Novák Ádám, et al.
יצא לאור: (2010-11-01)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
מאת: Oscar Westesson, et al.
יצא לאור: (2012-01-01)

<monospace>GenNon-h</monospace>: Generating multiple sequence alignments on nonhomogeneous phylogenetic trees
מאת: Kedzierska Anna M, et al.
יצא לאור: (2012-08-01)

treespace: Statistical exploration of landscapes of phylogenetic trees.
מאת: Jombart, T, et al.
יצא לאור: (2017)

Comparison of phylogenetic trees through alignment of embedded evolutionary distances
מאת: Choi Kwangbom, et al.
יצא לאור: (2009-12-01)

On the number of vertices of each rank in phylogenetic trees and their generalizations
מאת: Miklós Bóna
יצא לאור: (2016-04-01)

Statistical phylogenetic tree analysis using differences of means
מאת: Elissaveta Arnaoudova, et al.
יצא לאור: (2010-08-01)

Fluctuating surface currents: An algorithm for efficient prediction of Casimir interactions among arbitrary materials in arbitrary geometries
מאת: Reid, M. T. Homer, et al.
יצא לאור: (2013)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
מאת: Lunter, G, et al.
יצא לאור: (2008)

CSA: An efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment
מאת: Pereira Luísa, et al.
יצא לאור: (2009-07-01)

Protein alignment algorithms with an efficient backtracking routine on multiple GPUs
מאת: Kierzynka Michal, et al.
יצא לאור: (2011-05-01)

An efficient and extensible approach for compressing phylogenetic trees
מאת: Williams Tiffani L, et al.
יצא לאור: (2011-10-01)

SaAlign: Multiple DNA/RNA sequence alignment and phylogenetic tree construction tool for ultra-large datasets and ultra-long sequences based on suffix array
מאת: Ziyuan Wang, et al.
יצא לאור: (2022-01-01)

A simulation-based approach to statistical alignment
מאת: Levy Karin, E, et al.
יצא לאור: (2018)

Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.
מאת: Lunter, G, et al.
יצא לאור: (2011)