An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.

We present an efficient algorithm for statistical multiple alignment based on the TKF91 model of Thorne, Kishino, and Felsenstein (1991) on an arbitrary k-leaved phylogenetic tree. The existing algorithms use a hidden Markov model approach, which requires at least O( radical 5(k)) states and leads t...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Lunter, G, Miklós, I, Song, Y, Hein, J
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	2003

Схожі ресурси

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
за авторством: Westesson, O, та інші
Опубліковано: (2011)

Bayesian phylogenetic inference under a statistical insertion-deletion model
за авторством: Lunter, G, та інші
Опубліковано: (2003)

Polynomial algorithms for the Maximal Pairing Problem: efficient phylogenetic targeting on arbitrary trees
за авторством: Stadler Peter F, та інші
Опубліковано: (2010-06-01)

An algorithm for statistical alignment of sequences related by a binary tree.
за авторством: Hein, J
Опубліковано: (2001)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
за авторством: Satija, R, та інші
Опубліковано: (2010)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.
за авторством: de Groot, S, та інші
Опубліковано: (2008)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
за авторством: Lunter, G, та інші
Опубліковано: (2005)

Recursions for statistical multiple alignment.
за авторством: Hein, J, та інші
Опубліковано: (2003)

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
за авторством: Satija, R, та інші
Опубліковано: (2008)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
за авторством: Jensen, J, та інші
Опубліковано: (2005)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
за авторством: Satija, R, та інші
Опубліковано: (2009)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach
за авторством: Lunter Gerton, та інші
Опубліковано: (2008-07-01)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
за авторством: Novák, A, та інші
Опубліковано: (2008)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
за авторством: Jensen Jens, та інші
Опубліковано: (2005-04-01)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
за авторством: Miklós István, та інші
Опубліковано: (2009-08-01)

DendroBLAST: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments
за авторством: Kelly, S, та інші
Опубліковано: (2013)

DendroBlast: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments
за авторством: Kelly, S, та інші
Опубліковано: (2013)

DendroBLAST: approximate phylogenetic trees in the absence of multiple sequence alignments.
за авторством: Steven Kelly, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
за авторством: Miklos, I, та інші
Опубліковано: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
за авторством: Miklós, I, та інші
Опубліковано: (2004)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
за авторством: Szabó, A, та інші
Опубліковано: (2010)

Efficient representation of uncertainty in multiple sequence alignments using directed acyclic graphs
за авторством: Herman, J, та інші
Опубліковано: (2015)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
за авторством: Westesson, O, та інші
Опубліковано: (2012)

Stability of multiple alignments and phylogenetic trees: an analysis of ABC-transporter proteins family
за авторством: Dress Andreas, та інші
Опубліковано: (2008-11-01)

HAlign-II: efficient ultra-large multiple sequence alignment and phylogenetic tree reconstruction with distributed and parallel computing
за авторством: Shixiang Wan, та інші
Опубліковано: (2017-09-01)

Reticular alignment: A progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment
за авторством: Novák Ádám, та інші
Опубліковано: (2010-11-01)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
за авторством: Oscar Westesson, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

<monospace>GenNon-h</monospace>: Generating multiple sequence alignments on nonhomogeneous phylogenetic trees
за авторством: Kedzierska Anna M, та інші
Опубліковано: (2012-08-01)

treespace: Statistical exploration of landscapes of phylogenetic trees.
за авторством: Jombart, T, та інші
Опубліковано: (2017)

Comparison of phylogenetic trees through alignment of embedded evolutionary distances
за авторством: Choi Kwangbom, та інші
Опубліковано: (2009-12-01)

On the number of vertices of each rank in phylogenetic trees and their generalizations
за авторством: Miklós Bóna
Опубліковано: (2016-04-01)

Statistical phylogenetic tree analysis using differences of means
за авторством: Elissaveta Arnaoudova, та інші
Опубліковано: (2010-08-01)

Fluctuating surface currents: An algorithm for efficient prediction of Casimir interactions among arbitrary materials in arbitrary geometries
за авторством: Reid, M. T. Homer, та інші
Опубліковано: (2013)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
за авторством: Lunter, G, та інші
Опубліковано: (2008)

CSA: An efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment
за авторством: Pereira Luísa, та інші
Опубліковано: (2009-07-01)

Protein alignment algorithms with an efficient backtracking routine on multiple GPUs
за авторством: Kierzynka Michal, та інші
Опубліковано: (2011-05-01)

An efficient and extensible approach for compressing phylogenetic trees
за авторством: Williams Tiffani L, та інші
Опубліковано: (2011-10-01)

SaAlign: Multiple DNA/RNA sequence alignment and phylogenetic tree construction tool for ultra-large datasets and ultra-long sequences based on suffix array
за авторством: Ziyuan Wang, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

A simulation-based approach to statistical alignment
за авторством: Levy Karin, E, та інші
Опубліковано: (2018)

Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.
за авторством: Lunter, G, та інші
Опубліковано: (2011)