Algorithm implementation for CNV discovery using Affymetrix and Illumina SNP array data.

Algorithm implementation for CNV discovery using Affymetrix and Illumina SNP array data.

SNP array data can be analysed for the purpose of calling SNP alleles but also for determining the absolute copy number of a certain genomic segment. Here, the method for detecting copy number (CN) change using intensity data from SNP arrays is focused on. Methods incorporating data from the two mai...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Winchester, L, Ragoussis, J
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2012

Những quyển sách tương tự

Comparing CNV detection methods for SNP arrays.
Bằng: Winchester, L, et al.
Được phát hành: (2009)

CNV discovery using SNP genotyping arrays.
Bằng: Yau, C, et al.
Được phát hành: (2008)

Detection, breakpoint identification and detailed characterisation of a CNV at the FRA16D site using SNP assays.
Bằng: Winchester, L, et al.
Được phát hành: (2008)

Hybridization and amplification rate correction for affymetrix SNP arrays
Bằng: Wang Quan, et al.
Được phát hành: (2012-06-01)

Whole genome sequencing of simmental cattle for SNP and CNV discovery
Bằng: Ting Sun, et al.
Được phát hành: (2023-04-01)

Effect of Combining Multiple CNV Defining Algorithms on the Reliability of CNV Calls from SNP Genotyping Data
Bằng: Soon-Young Kim, et al.
Được phát hành: (2012-09-01)

Hidden Markov Model-Based CNV Detection Algorithms for Illumina Genotyping Microarrays
Bằng: Eric L. Seiser, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Hidden Markov Model-Based CNV Detection Algorithms for Illumina Genotyping Microarrays
Bằng: Eric L. Seiser, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Discovery and mapping of single feature polymorphisms in wheat using Affymetrix arrays
Bằng: Hu Shengwa, et al.
Được phát hành: (2009-05-01)

MethylToSNP: identifying SNPs in Illumina DNA methylation array data
Bằng: Brenna A. LaBarre, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

OPTIMIZATION OF PLASMA CELL ENRICHMENT FOR CNV DETECTION BY SNP ARRAY AND MLPA
Bằng: MIHAIELA LOREDANA DRAGOS, et al.
Được phát hành: (2022-06-01)

OpenADAM: an open source genome-wide association data management system for Affymetrix SNP arrays
Bằng: Sham P C, et al.
Được phát hành: (2008-12-01)

Spatial normalization improves the quality of genotype calling for Affymetrix SNP 6.0 arrays
Bằng: Bailey Kent R, et al.
Được phát hành: (2010-06-01)

Evaluating the performance of Affymetrix SNP Array 6.0 platform with 400 Japanese individuals
Bằng: Uehara Yasuka, et al.
Được phát hành: (2008-09-01)

Affymetrix Genome-wide Human SNP Assay
Bằng: Alexis Bosman
Được phát hành: (2016-05-01)

Whole genome resequencing of black Angus and Holstein cattle for SNP and CNV discovery
Bằng: Stothard Paul, et al.
Được phát hành: (2011-11-01)

Software comparison for evaluating genomic copy number variation for Affymetrix 6.0 SNP array platform
Bằng: Kardia Sharon LR, et al.
Được phát hành: (2011-05-01)

A Hidden Markov Model to estimate population mixture and allelic copy-numbers in cancers using Affymetrix SNP arrays
Bằng: Torring Niels, et al.
Được phát hành: (2007-11-01)

nuID: a universal naming scheme of oligonucleotides for Illumina, Affymetrix, and other microarrays
Bằng: Kibbe Warren A, et al.
Được phát hành: (2007-05-01)

Direct integration of intensity-level data from Affymetrix and Illumina microarrays improves statistical power for robust reanalysis
Bằng: Turnbull Arran K, et al.
Được phát hành: (2012-08-01)

Relative impact of key sources of systematic noise in Affymetrix and Illumina gene-expression microarray experiments
Bằng: Kitchen Robert R, et al.
Được phát hành: (2011-12-01)

On the necessity of different statistical treatment for Illumina BeadChip and Affymetrix GeneChip data and its significance for biological interpretation
Bằng: Eisenhaber Frank, et al.
Được phát hành: (2008-06-01)

A Single-Array-Based Method for Detecting Copy Number Variants Using Affymetrix High Density SNP Arrays and its Application to Breast Cancer
Bằng: Ming Li, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Performance of the Illumina GGP Bovine 100K SNP array for buffalo populations genotyping in Colombia
Bằng: William Burgos-Paz, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

Affymetrix GeneChip system: moving from research to the clinic.
Bằng: Ragoussis, J, et al.
Được phát hành: (2006)

Comprehensive analysis of affymetrix exon arrays using BioConductor.
Bằng: Michał J Okoniewski, et al.
Được phát hành: (2008-02-01)

A comparison of Affymetrix gene expression arrays
Bằng: Robinson Mark D, et al.
Được phát hành: (2007-11-01)

SNiPer: Improved SNP genotype calling for Affymetrix 10K GeneChip microarray data
Bằng: Pearson John V, et al.
Được phát hành: (2005-10-01)

Cross-Species Application of Illumina iScan Microarrays for Cost-Effective, High-Throughput SNP Discovery
Bằng: Emily D. Fountain, et al.
Được phát hành: (2021-05-01)

Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips
Bằng: Carvalho Benilton S, et al.
Được phát hành: (2011-03-01)

Exon array data analysis using affymetrix power tools and R statistical software
Bằng: Lockstone, H
Được phát hành: (2011)

Improvements to previous algorithms to predict gene structure and isoform concentrations using Affymetrix Exon arrays
Bằng: Aramburu Ander, et al.
Được phát hành: (2010-11-01)

GStream: improving SNP and CNV coverage on genome-wide association studies.
Bằng: Arnald Alonso, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Gene expression and isoform variation analysis using Affymetrix exon arrays
Bằng: Kwan Tony, et al.
Được phát hành: (2009-03-01)

Gene Expression and Isoform Variation Analysis using Affymetrix Exon Arrays
Bằng: Kwan Tony, et al.
Được phát hành: (2008-11-01)

Starr: Simple Tiling ARRay analysis of Affymetrix ChIP-chip data
Bằng: Tresch Achim, et al.
Được phát hành: (2010-04-01)

Coverage and characteristics of the Affymetrix GeneChip Human Mapping 100K SNP set.
Được phát hành: (2006-05-01)

High correspondence between Affymetrix exon and standard expression arrays
Bằng: Michał J. Okoniewski, et al.
Được phát hành: (2007-02-01)

Steps to ensure accuracy in genotype and SNP calling from Illumina sequencing data
Bằng: Liu Qi, et al.
Được phát hành: (2012-12-01)

Genome-wide CNV analysis replicates the association between <it>GSTM1</it> deletion and bladder cancer: a support for using continuous measurement from SNP-array data
Bằng: Marenne Gaëlle, et al.
Được phát hành: (2012-07-01)