Hash-based core genome multilocus sequencing typing for Clostridium difficile

Hash-based core genome multilocus sequencing typing for Clostridium difficile

Pathogen whole-genome sequencing has huge potential as a tool to better understand infection transmission. However, rapidly identifying closely related genomes among a background of thousands of other genomes is challenging. Here, we describe a refinement to core genome multilocus sequence typing (c...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Eyre, DW, Peto, TEA, Crook, DW, Walker, AS, Wilcox, MH
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	American Society for Microbiology 2019

Схожі ресурси

Multilocus sequence typing of Clostridium difficile.
за авторством: Griffiths, D, та інші
Опубліковано: (2010)

Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis and whole-genome sequencing for investigation of Clostridium difficile transmission.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Quantitative study of Clostridium difficile transmission using extensive epidemiological data and whole genome sequencing
за авторством: Eyre, DW
Опубліковано: (2013)

Regarding "Clostridium difficile ribotype does not predict severe infection".
за авторством: Walker, A, та інші
Опубліковано: (2013)

Clostridium difficile mixed infection and reinfection.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Comparison of control of Clostridium difficile infection in six English hospitals using whole-genome sequencing
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2017)

Risk factors for Clostridium difficile acquisition in infants: importance of study design.
за авторством: Stoesser, N, та інші
Опубліковано: (2013)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Whole-genome sequencing demonstrates that fidaxomicin is superior to vancomycin for preventing reinfection and relapse of infection with Clostridium difficile
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Clostridium difficile in England: can we stop washing our hands? - Authors' reply.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2017)

Establishment of a publicly available core genome multilocus sequence typing scheme for Clostridium perfringens
за авторством: Abdel-Glil, MY, та інші
Опубліковано: (2021)

Establishment of a Publicly Available Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for Clostridium perfringens
за авторством: Mostafa Y. Abdel-Glil, та інші
Опубліковано: (2021-10-01)

Microevolutionary analysis of Clostridium difficile genomes to investigate transmission.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2012)

Microevolutionary analysis of Clostridium difficile genomes to investigate transmission
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2012)

Patient and strain characteristics associated with Clostridium difficile transmission and adverse outcomes
за авторством: Martin, J, та інші
Опубліковано: (2018)

Asymptomatic Clostridium difficile colonisation and onward transmission
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Evolutionary history of the Clostridium difficile pathogenicity locus.
за авторством: Dingle, K, та інші
Опубліковано: (2014)

Relationship between bacterial strain type, host biomarkers, and mortality in Clostridium difficile infection.
за авторством: Walker, A, та інші
Опубліковано: (2013)

Predictors of first recurrence of Clostridium difficile infection: implications for initial management.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Short-term genome stability of serial Clostridium difficile ribotype 027 isolates in an experimental gut model and recurrent human disease
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Contribution to Clostridium difficile transmission of symptomatic patients with toxigenic strains who are fecal toxin negative
за авторством: Mawer, D, та інші
Опубліковано: (2017)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission.
за авторством: David W Eyre, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Characterisation of Clostridium difficile hospital ward-based transmission using extensive epidemiological data and molecular typing.
за авторством: Walker, A, та інші
Опубліковано: (2012)

Recombinational switching of the Clostridium difficile S-layer and a novel glycosylation gene cluster revealed by large-scale whole-genome sequencing.
за авторством: Dingle, K, та інші
Опубліковано: (2013)

Core-genome multilocus sequence typing and core-SNP analysis of Clostridium neonatale strains isolated in different spatio-temporal settings
за авторством: Victoria Mesa, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

Asymptomatic Clostridium difficile colonisation and onward transmission.
за авторством: David W Eyre, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Fairness of financial penalties to improve control of Clostridium difficile.
за авторством: Walker, A, та інші
Опубліковано: (2008)

Fairness of financial penalties to improve control of Clostridium difficile.
за авторством: Walker, A, та інші
Опубліковано: (2008)

Two distinct patterns of Clostridium difficile diversity across Europe indicates contrasting routes of spread
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2018)

Clostridium difficile: Investigating transmission patterns between infected and colonized patients using whole genome sequencing
за авторством: Kong, L, та інші
Опубліковано: (2018)

Clostridium difficile trehalose metabolism variants are common and not associated with adverse patient outcomes when variably present in the same lineage
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2019)

Molecular epidemiology of Clostridium difficile strains in children compared with that of strains circulating in adults with Clostridium difficile-associated infection.
за авторством: Stoesser, N, та інші
Опубліковано: (2011)

Penicillin binding protein substitutions co-occur with fluoroquinolone resistance in ‘epidemic’ lineages of multi drug-resistant Clostridioides difficile
за авторством: Dingle, K, та інші
Опубліковано: (2023)

A pilot study of rapid benchtop sequencing of Staphylococcus aureus and Clostridium difficile for outbreak detection and surveillance
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Clinical Clostridium difficile: clonality and pathogenicity locus diversity.
за авторством: Dingle, K, та інші
Опубліковано: (2011)

A Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for Streptococcus mutans
за авторством: Shanshan Liu, та інші
Опубліковано: (2020-08-01)

A Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for Pseudomonas aeruginosa
за авторством: Romário Oliveira de Sales, та інші
Опубліковано: (2020-05-01)

Characterisation of Clostridium difficile hospital ward-based transmission using extensive epidemiological data and molecular typing.
за авторством: A Sarah Walker, та інші
Опубліковано: (2012-02-01)

Short-term genome stability of serial Clostridium difficile ribotype 027 isolates in an experimental gut model and recurrent human disease.
за авторством: David W Eyre, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)