Conformational heterogeneity and bubble dynamics in single bacterial transcription initiation complexes

Conformational heterogeneity and bubble dynamics in single bacterial transcription initiation complexes

Transcription initiation is a major step in gene regulation for all organisms. In bacteria, the promoter DNA is first recognized by RNA polymerase (RNAP) to yield an initial closed complex. This complex subsequently undergoes conformational changes resulting in DNA strand separation to form a transc...

Ամբողջական նկարագրություն

Մատենագիտական մանրամասներ
Հիմնական հեղինակներ:	Duchi, D, Gryte, K, Robb, N, Morichaud, Z, Sheppard, C, Brodolin, K, Wigneshweraraj, S, Kapanidis, A
Ձևաչափ:	Journal article
Հրապարակվել է:	Oxford University Press 2017

Նմանատիպ նյութեր

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: Implications for transcription start-site selection
‌: Robb, N, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: implications for transcription start-site selection.
‌: Robb, N, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

RNA polymerase pausing during initial transcription
‌: Duchi, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2016)

Single-Molecule Studies of Transcription Initiation using a Vesicle Approach
‌: Llumigusin, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria
‌: Dulin, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

Sensing DNA opening in transcription using quenchable Forster resonance energy transfer.
‌: Cordes, T, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Single-molecule studies of transcription initiation
‌: Duchi Llumigusin, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria
‌: David Dulin, և այլն
Հրապարակվել է: (2018-04-01)

Single-molecule FRET reveals the pre-initiation and initiation conformations of influenza virus promoter RNA
‌: Robb, N, և այլն
Հրապարակվել է: (2016)

Studying sigma(54)-dependent transcription at the single-molecule level using alternating-laser excitation (ALEX) spectroscopy - art. no. 66332K
‌: Heilemann, M, և այլն
Հրապարակվել է: (2007)

Improved temporal resolution and linked hidden Markov modeling for switchable single-molecule FRET.
‌: Uphoff, S, և այլն
Հրապարակվել է: (2011)

Surfing on a new wave of single-molecule fluorescence methods.
‌: Hohlbein, J, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Real-time analysis of single influenza virus replication complexes reveals large promoter-dependent differences in initiation dynamics
‌: Robb, N, և այլն
Հրապարակվել է: (2019)

Direct observation of abortive initiation and promoter escape within single immobilized transcription complexes.
‌: Margeat, E, և այլն
Հրապարակվել է: (2006)

Transcription initiation at a consensus bacterial promoter proceeds via a 'bind-unwind-load-and-lock' mechanism
‌: Mazumder, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2021)

Characterization of dark quencher chromophores as nonfluorescent acceptors for single-molecule FRET.
‌: Le Reste, L, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

Transcription initiation at a consensus bacterial promoter proceeds via a ‘bind-unwind-load-and-lock’ mechanism
‌: Abhishek Mazumder, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-10-01)

Single-molecule analysis of the influenza virus replication initiation mechanism
‌: Robb, N, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

In vivo single-molecule imaging of bacterial DNA replication, transcription, and repair.
‌: Stracy, M, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Initial Events in Bacterial Transcription Initiation
‌: Emily F. Ruff, և այլն
Հրապարակվել է: (2015-05-01)

Recent advances in understanding σ70-dependent transcription initiation mechanisms
‌: Mazumder, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2019)

Retention of transcription initiation factor sigma70 in transcription elongation: single-molecule analysis.
‌: Kapanidis, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2005)

Super-Resolution Imaging of Transcription in Live Bacterial Cells
‌: Stracy, M, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Structural transitions in transcription initiation: Kinetic and single molecule kinetic analyses
‌: Mukhopadhyay, J, և այլն
Հրապարակվել է: (2001)

Long-lived intracellular single-molecule fluorescence using electroporated molecules.
‌: Crawford, R, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Crl activates transcription by stabilizing active conformation of the master stress transcription initiation factor
‌: Juncao Xu, և այլն
Հրապարակվել է: (2019-12-01)

Analysis methods for single molecule fluorescence spectroscopy
‌: Gryte, K
Հրապարակվել է: (2012)

Single-bubble dynamics in nanopores: Transition between homogeneous and heterogeneous nucleation
‌: Soumyadeep Paul, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-12-01)

The initial motion of a gas bubble formed in an inviscid liquid : part 2 The three-dimensional bubble and toroidal bubble /
‌: 385580 Walters, J. K., և այլն

Target preference of Type III-A CRISPR-Cas complexes at the transcription bubble
‌: Tina Y. Liu, և այլն
Հրապարակվել է: (2019-07-01)

Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization
‌: Zakia Morichaud, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-01-01)

Modelling of hydrodynamics in heterogeneous bubble column
‌: Mohd Shahimie, Selamat
Հրապարակվել է: (2010)

Initial transcription by RNA polymerase proceeds through a DNA-scrunching mechanism.
‌: Kapanidis, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2006)

Single-molecule and super-resolution imaging of transcription in living bacteria
‌: Stracy, M, և այլն
Հրապարակվել է: (2017)

The initial motion of gas bubble formed in an inviscid liquid. Part 1 : the two-dimensional bubble /
‌: 385580 Walters, J. K., և այլն

On the dimensionless model of the transcription bubble dynamics
‌: Larisa A. Krasnobaeva, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-05-01)

Novel Insights into Conformational Rearrangements of the Bacterial Flagellar Switch Complex
‌: Tomofumi Sakai, և այլն
Հրապարակվել է: (2019-04-01)

Real-time transcription initiation by E. coli RNA polymerase in vitro and in vivo
‌: Plochowietz, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

Transcriptional Activity of the Bacterial Replication Initiator DnaA
‌: Inoka P. Menikpurage, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-06-01)

Single-molecule DNA biosensors for transcription-factor detection
‌: Lymperopoulos, K, և այլն
Հրապարակվել է: (2008)