Conformational heterogeneity and bubble dynamics in single bacterial transcription initiation complexes

Conformational heterogeneity and bubble dynamics in single bacterial transcription initiation complexes

Transcription initiation is a major step in gene regulation for all organisms. In bacteria, the promoter DNA is first recognized by RNA polymerase (RNAP) to yield an initial closed complex. This complex subsequently undergoes conformational changes resulting in DNA strand separation to form a transc...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Duchi, D, Gryte, K, Robb, N, Morichaud, Z, Sheppard, C, Brodolin, K, Wigneshweraraj, S, Kapanidis, A
Формат:	Journal article
Опубліковано:	Oxford University Press 2017

Схожі ресурси

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: Implications for transcription start-site selection
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2013)

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: implications for transcription start-site selection.
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2013)

RNA polymerase pausing during initial transcription
за авторством: Duchi, D, та інші
Опубліковано: (2016)

Single-Molecule Studies of Transcription Initiation using a Vesicle Approach
за авторством: Llumigusin, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria
за авторством: Dulin, D, та інші
Опубліковано: (2018)

Sensing DNA opening in transcription using quenchable Forster resonance energy transfer.
за авторством: Cordes, T, та інші
Опубліковано: (2010)

Single-molecule studies of transcription initiation
за авторством: Duchi Llumigusin, D, та інші
Опубліковано: (2014)

Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria
за авторством: David Dulin, та інші
Опубліковано: (2018-04-01)

Single-molecule FRET reveals the pre-initiation and initiation conformations of influenza virus promoter RNA
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2016)

Studying sigma(54)-dependent transcription at the single-molecule level using alternating-laser excitation (ALEX) spectroscopy - art. no. 66332K
за авторством: Heilemann, M, та інші
Опубліковано: (2007)

Improved temporal resolution and linked hidden Markov modeling for switchable single-molecule FRET.
за авторством: Uphoff, S, та інші
Опубліковано: (2011)

Surfing on a new wave of single-molecule fluorescence methods.
за авторством: Hohlbein, J, та інші
Опубліковано: (2010)

Real-time analysis of single influenza virus replication complexes reveals large promoter-dependent differences in initiation dynamics
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2019)

Direct observation of abortive initiation and promoter escape within single immobilized transcription complexes.
за авторством: Margeat, E, та інші
Опубліковано: (2006)

Transcription initiation at a consensus bacterial promoter proceeds via a 'bind-unwind-load-and-lock' mechanism
за авторством: Mazumder, A, та інші
Опубліковано: (2021)

Characterization of dark quencher chromophores as nonfluorescent acceptors for single-molecule FRET.
за авторством: Le Reste, L, та інші
Опубліковано: (2012)

Transcription initiation at a consensus bacterial promoter proceeds via a ‘bind-unwind-load-and-lock’ mechanism
за авторством: Abhishek Mazumder, та інші
Опубліковано: (2021-10-01)

Single-molecule analysis of the influenza virus replication initiation mechanism
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2018)

In vivo single-molecule imaging of bacterial DNA replication, transcription, and repair.
за авторством: Stracy, M, та інші
Опубліковано: (2014)

Initial Events in Bacterial Transcription Initiation
за авторством: Emily F. Ruff, та інші
Опубліковано: (2015-05-01)

Recent advances in understanding σ70-dependent transcription initiation mechanisms
за авторством: Mazumder, A, та інші
Опубліковано: (2019)

Retention of transcription initiation factor sigma70 in transcription elongation: single-molecule analysis.
за авторством: Kapanidis, A, та інші
Опубліковано: (2005)

Super-Resolution Imaging of Transcription in Live Bacterial Cells
за авторством: Stracy, M, та інші
Опубліковано: (2014)

Structural transitions in transcription initiation: Kinetic and single molecule kinetic analyses
за авторством: Mukhopadhyay, J, та інші
Опубліковано: (2001)

Long-lived intracellular single-molecule fluorescence using electroporated molecules.
за авторством: Crawford, R, та інші
Опубліковано: (2013)

Crl activates transcription by stabilizing active conformation of the master stress transcription initiation factor
за авторством: Juncao Xu, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Analysis methods for single molecule fluorescence spectroscopy
за авторством: Gryte, K
Опубліковано: (2012)

Single-bubble dynamics in nanopores: Transition between homogeneous and heterogeneous nucleation
за авторством: Soumyadeep Paul, та інші
Опубліковано: (2020-12-01)

The initial motion of a gas bubble formed in an inviscid liquid : part 2 The three-dimensional bubble and toroidal bubble /
за авторством: 385580 Walters, J. K., та інші

Target preference of Type III-A CRISPR-Cas complexes at the transcription bubble
за авторством: Tina Y. Liu, та інші
Опубліковано: (2019-07-01)

Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization
за авторством: Zakia Morichaud, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Modelling of hydrodynamics in heterogeneous bubble column
за авторством: Mohd Shahimie, Selamat
Опубліковано: (2010)

Initial transcription by RNA polymerase proceeds through a DNA-scrunching mechanism.
за авторством: Kapanidis, A, та інші
Опубліковано: (2006)

Single-molecule and super-resolution imaging of transcription in living bacteria
за авторством: Stracy, M, та інші
Опубліковано: (2017)

The initial motion of gas bubble formed in an inviscid liquid. Part 1 : the two-dimensional bubble /
за авторством: 385580 Walters, J. K., та інші

On the dimensionless model of the transcription bubble dynamics
за авторством: Larisa A. Krasnobaeva, та інші
Опубліковано: (2023-05-01)

Novel Insights into Conformational Rearrangements of the Bacterial Flagellar Switch Complex
за авторством: Tomofumi Sakai, та інші
Опубліковано: (2019-04-01)

Real-time transcription initiation by E. coli RNA polymerase in vitro and in vivo
за авторством: Plochowietz, A, та інші
Опубліковано: (2015)

Transcriptional Activity of the Bacterial Replication Initiator DnaA
за авторством: Inoka P. Menikpurage, та інші
Опубліковано: (2021-06-01)

Single-molecule DNA biosensors for transcription-factor detection
за авторством: Lymperopoulos, K, та інші
Опубліковано: (2008)