DPFunc: accurately predicting protein function via deep learning with domain-guided structure information

DPFunc: accurately predicting protein function via deep learning with domain-guided structure information

Computational methods for predicting protein function are of great significance in understanding biological mechanisms and treating complex diseases. However, existing computational approaches of protein function prediction lack interpretability, making it difficult to understand the relations betwe...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Wang, W, Shuai, Y, Zeng, M, Fan, W, Li, M
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Nature Research 2025

Схожі ресурси

DPFunc: accurately predicting protein function via deep learning with domain-guided structure information
за авторством: Wenkang Wang, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Accurate Physical Property Predictions via Deep Learning
за авторством: Yuanyuan Hou, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction.
за авторством: Gomes, M, та інші
Опубліковано: (2012)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction
за авторством: Gomes Mireille, та інші
Опубліковано: (2012-08-01)

A Deep Learning Framework for Robust and Accurate Prediction of ncRNA-Protein Interactions Using Evolutionary Information
за авторством: Hai-Cheng Yi, та інші
Опубліковано: (2018-06-01)

Accurate prediction of protein function using statistics-informed graph networks
за авторством: Jang, YJ, та інші
Опубліковано: (2024)

Accurate prediction of protein function using statistics-informed graph networks
за авторством: Yaan J. Jang, та інші
Опубліковано: (2024-08-01)

Accurate Prediction of Protein Structural Flexibility by Deep Learning Integrating Intricate Atomic Structures and Cryo-EM Density Information
за авторством: Xintao Song, та інші
Опубліковано: (2024-07-01)

Accurate brain age prediction with lightweight deep neural networks
за авторством: Peng, H, та інші
Опубліковано: (2020)

Deep Domain Adaptation, Pseudo-Labeling, and Shallow Network for Accurate and Fast Gait Prediction of Unlabeled Datasets
за авторством: Jaeyoung Na, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

RNA-protein interaction prediction using network-guided deep learning
за авторством: Haoquan Liu, та інші
Опубліковано: (2025-02-01)

Automated and accurate segmentation of leaf venation networks via deep learning
за авторством: Xu, H, та інші
Опубліковано: (2020)

Accurate prediction of the dynamical changes within the second PDZ domain of PTP1e.
за авторством: Elisa Cilia, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Protein complex prediction via verifying and reconstructing the topology of domain-domain interactions
за авторством: Kashima Hisashi, та інші
Опубліковано: (2010-06-01)

Combining Evolutionary Information and an Iterative Sampling Strategy for Accurate Protein Structure Prediction.
за авторством: Tatjana Braun, та інші
Опубліковано: (2015-12-01)

Accurate classification of membrane protein types based on sequence and evolutionary information using deep learning
за авторством: Lei Guo, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Fast and accurate Ab Initio Protein structure prediction using deep learning potentials.
за авторством: Robin Pearce, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model.
за авторством: Sheng Wang, та інші
Опубліковано: (2017-01-01)

Optimising Deep Learning at the Edge for Accurate Hourly Air Quality Prediction
за авторством: I Nyoman Kusuma Wardana, та інші
Опубліковано: (2021-02-01)

Accurate Prediction of ncRNA-Protein Interactions From the Integration of Sequence and Evolutionary Information
за авторством: Zhao-Hui Zhan, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

UGLS: an uncertainty guided deep learning strategy for accurate image segmentation
за авторством: Xiaoguo Yang, та інші
Опубліковано: (2024-04-01)

Efficient and Accurate Traffic Flow Prediction via Incremental Tensor Completion
за авторством: Jinzhi Liao, та інші
Опубліковано: (2018-01-01)

PeSTo: parameter-free geometric deep learning for accurate prediction of protein binding interfaces
за авторством: Lucien F. Krapp, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)

Merizo: a rapid and accurate protein domain segmentation method using invariant point attention
за авторством: Andy M. Lau, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

DeepLigand: accurate prediction of MHC class I ligands using peptide embedding
за авторством: Zeng, Haoyang, та інші
Опубліковано: (2021)

Deep neural networks for accurate predictions of crystal stability
за авторством: Weike Ye, та інші
Опубліковано: (2018-09-01)

Multi-domain and complex protein structure prediction using inter-domain interactions from deep learning
за авторством: Yuhao Xia, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

Robust and accurate prediction of residue–residue interactions across protein interfaces using evolutionary information
за авторством: Sergey Ovchinnikov, та інші
Опубліковано: (2014-05-01)

Accurate prediction of protein secondary structure and solvent accessibility by consensus combiners of sequence and structure information
за авторством: Vullo Alessandro, та інші
Опубліковано: (2007-06-01)

DeepHE: Accurately predicting human essential genes based on deep learning.
за авторством: Xue Zhang, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Toward Highly-Efficient and Accurate Services QoS Prediction via Machine Unlearning
за авторством: Yuxiang Zeng, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Accurate Solar Wind Speed Prediction with Multimodality Information
за авторством: Yanru Sun, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

Utilizing shared interacting domain patterns and Gene Ontology information to improve protein-protein interaction prediction
за авторством: Roslan, Rosfuzah, та інші
Опубліковано: (2010)

Utilizing shared interacting domain patterns and gene ontology information to improve protein–protein interaction prediction
за авторством: Roslan, Rosfuzah, та інші
Опубліковано: (2010)

Four-protein signature accurately predicts lymph node metastasis and survival in oral squamous cell carcinoma
за авторством: Zanaruddin, S.N.S., та інші
Опубліковано: (2013)

Towards Accurate Children’s Arabic Handwriting Recognition via Deep Learning
за авторством: Anfal Bin Durayhim, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Accurate prediction of CDR-H3 loop structures of antibodies with deep learning
за авторством: Hedi Chen, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

HMM-FRAME: accurate protein domain classification for metagenomic sequences containing frameshift errors
за авторством: Sun Yanni, та інші
Опубліковано: (2011-05-01)

An efficient and accurate deep learning architecture for text sentiment prediction
за авторством: Tan, Jun En
Опубліковано: (2020)

Protein sub-nuclear localization prediction using SVM and Pfam domain information.
за авторством: Ravindra Kumar, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)