Inferring genomic flux in bacteria.

Inferring genomic flux in bacteria.

Acquisition and loss of genetic material are essential forces in bacterial microevolution. They have been repeatedly linked with adaptation of lineages to new lifestyles, and in particular, pathogenicity. Comparative genomics has the potential to elucidate this genetic flux, but there are many metho...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Didelot, X, Darling, A, Falush, D
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	2009

Схожі ресурси

Inference of homologous recombination in bacteria using whole-genome sequences.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2010)

Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2007)

Impact of homologous and non-homologous recombination in the genomic evolution of Escherichia coli
за авторством: Didelot Xavier, та інші
Опубліковано: (2012-06-01)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2015)

Genome-wide association mapping in bacteria?
за авторством: Falush, D, та інші
Опубліковано: (2006)

Toward the use of genomics to study microevolutionary change in bacteria.
за авторством: Daniel Falush
Опубліковано: (2009-10-01)

A Bayesian approach to inferring the phylogenetic structure of communities from metagenomic data.
за авторством: O'Brien, J, та інші
Опубліковано: (2014)

SimMLST: simulation of multi-locus sequence typing data under a neutral model.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

A bimodal pattern of relatedness between the Salmonella Paratyphi A and Typhi genomes: convergence or divergence by homologous recombination?
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2007)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
за авторством: Xavier Didelot, та інші
Опубліковано: (2015-02-01)

Genealogical typing of Neisseria meningitidis.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

Evolution of pathogenicity in the Bacillus cereus group.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

Genome plasticity during chronic infection with H-pylori
за авторством: Kennemann, L, та інші
Опубліковано: (2008)

Bayesian inference of the evolution of a phenotype distribution on a phylogenetic tree
за авторством: Ansari, M, та інші
Опубліковано: (2016)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
за авторством: Taylor, AJ, та інші
Опубліковано: (2024)

Inference of recombination properties in bacteria from whole genomes
за авторством: Ansari, M
Опубліковано: (2014)

Inference of population structure using dense haplotype data.
за авторством: Lawson, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Mosaic DNA imports with interspersions of recipient sequence after natural transformation of Helicobacter pylori.
за авторством: Kulick, S, та інші
Опубліковано: (2008)

A comparison of homologous recombination rates in bacteria and archaea.
за авторством: Vos, M, та інші
Опубліковано: (2009)

Helicobacter pylori genome evolution during human infection.
за авторством: Kennemann, L, та інші
Опубліковано: (2011)

Inferring human colonization history using a copying model.
за авторством: Garrett Hellenthal, та інші
Опубліковано: (2008-05-01)

Mismatch induced speciation in Salmonella: model and data.
за авторством: Falush, D, та інші
Опубліковано: (2006)

Correction: Inferring Human Colonization History Using a Copying Model.
за авторством: Garrett Hellenthal, та інші
Опубліковано: (2008-06-01)

Inference and prediction of metabolic network fluxes.
за авторством: Nikoloski, Z, та інші
Опубліковано: (2015)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2018)

Inference of population structure using dense haplotype data.
за авторством: Daniel John Lawson, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
за авторством: Aidan J. Taylor, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

Sequencing of seven haloarchaeal genomes reveals patterns of genomic flux.
за авторством: Erin A Lynch, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Germs, genomes and genealogies.
за авторством: Wilson, D, та інші
Опубліковано: (2005)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
за авторством: Morelli, G, та інші
Опубліковано: (2010)

An examination of speciation in recombining bacteria: The relationship between Campylobacter jejuni and Campylobacter coli
за авторством: Sheppard, S, та інші
Опубліковано: (2007)

Interplay of recombination and selection in the genomes of Chlamydia trachomatis.
за авторством: Joseph, S, та інші
Опубліковано: (2011)

Progressive genome-wide introgression in agricultural Campylobacter coli.
за авторством: Sheppard, S, та інші
Опубліковано: (2013)

Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2012)

Inferred basal friction and mass flux affected by crystal-orientation fabrics
за авторством: Nicholas M. Rathmann, та інші
Опубліковано: (2022-04-01)

SimBac: simulation of whole bacterial genomes with homologous recombination
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2015)

Colistin resistance in Gram-negative bacteria analysed by five phenotypic assays and inference of the underlying genomic mechanisms
за авторством: Diana Albertos Torres, та інші
Опубліковано: (2021-11-01)

Fidelity of hyperbolic space for Bayesian phylogenetic inference.
за авторством: Matthew Macaulay, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)

Simultaneous inference of phylogenetic and transmission trees in infectious disease outbreaks.
за авторством: Don Klinkenberg, та інші
Опубліковано: (2017-05-01)

Progressive genome-wide introgression in agricultural Campylobacter coli
за авторством: Sheppard, S, та інші
Опубліковано: (2013)