Population genomic scan for candidate signatures of balancing selection to guide antigen characterization in malaria parasites

Population genomic scan for candidate signatures of balancing selection to guide antigen characterization in malaria parasites

Acquired immunity in vertebrates maintains polymorphisms in endemic pathogens, leading to identifiable signatures of balancing selection. To comprehensively survey for genes under such selection in the human malaria parasite Plasmodium falciparum, we generated paired-end short-read sequences of para...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Amambua-Ngwa, A, Tetteh, K, Manske, M, Gomez-Escobar, N, Stewart, L, Deerhake, M, Cheeseman, I, Newbold, C, Holder, A, Knuepfer, E, Janha, O, Jallow, M, Campino, S, Macinnis, B, Kwiatkowski, D, Conway, D
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Public Library of Science 2012

Схожі ресурси

Population genomic scan for candidate signatures of balancing selection to guide antigen characterization in malaria parasites.
за авторством: Alfred Amambua-Ngwa, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Prospective identification of malaria parasite genes under balancing selection.
за авторством: Tetteh, K, та інші
Опубліковано: (2009)

Studies of natural selection on malaria parasite merozoites in relation to invasion and immunity.
за авторством: Tetteh, K, та інші
Опубліковано: (2008)

Genome-wide analysis of selection on the malaria parasite Plasmodium falciparum in West African populations of differing infection endemicity.
за авторством: Mobegi, V, та інші
Опубліковано: (2014)

Prospective identification of malaria parasite genes under balancing selection.
за авторством: Kevin K A Tetteh, та інші
Опубліковано: (2009-01-01)

Changes in malaria parasite drug resistance in an endemic population over a 25-year period with resulting genomic evidence of selection.
за авторством: Nwakanma, D, та інші
Опубліковано: (2014)

Multi-population genomic analysis of malaria parasites indicates local selection and differentiation at the gdv1 locus regulating sexual development
за авторством: Duffy, C, та інші
Опубліковано: (2018)

Multiplication rate variation in the human malaria parasite Plasmodium falciparum
за авторством: Lee Murray, та інші
Опубліковано: (2017-07-01)

Multiplication rate variation of malaria parasites from hospital cases and community infections
за авторством: Lindsay B. Stewart, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Publisher Correction: Multiplication rate variation of malaria parasites from hospital cases and community infections
за авторством: Lindsay B. Stewart, та інші
Опубліковано: (2025-02-01)

SnoopCGH: software for visualizing comparative genomic hybridization data.
за авторством: Almagro-Garcia, J, та інші
Опубліковано: (2009)

SnoopCGH: software for visualizing comparative genomic hybridization data.
за авторством: Almagro-Garcia, J, та інші
Опубліковано: (2009)

Optimizing Illumina next-generation sequencing library preparation for extremely AT-biased genomes.
за авторством: Oyola, S, та інші
Опубліковано: (2012)

Optimized Whole-Genome Amplification Strategy for Extremely AT-Biased Template.
за авторством: Oyola, S, та інші
Опубліковано: (2014)

Highly Variable Expression of Merozoite Surface Protein MSPDBL2 in Diverse Plasmodium falciparum Clinical Isolates and Transcriptome Scans for Correlating Genes
за авторством: Suzanne E. Hocking, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

Multi-population genomic analysis of malaria parasites indicates local selection and differentiation at the gdv1 locus regulating sexual development
за авторством: Craig W. Duffy, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

Generating conditional gene knockouts in Plasmodium – a toolkit to produce stable DiCre recombinase-expressing parasite lines using CRISPR/Cas9
за авторством: Ellen Knuepfer, та інші
Опубліковано: (2017-06-01)

Culture adaptation of malaria parasites selects for convergent loss-of-function mutants
за авторством: Kwiatkowski, D, та інші
Опубліковано: (2017)

Investigation of host candidate malaria-associated risk/protective SNPs in a Brazilian Amazonian population.
за авторством: da Silva Santos, S, та інші
Опубліковано: (2012)

Statistical estimation of cell-cycle progression and lineage commitment in Plasmodium falciparum reveals a homogeneous pattern of transcription in ex vivo culture.
за авторством: Lemieux, J, та інші
Опубліковано: (2009)

Deletion of Plasmodium falciparum ubc13 increases parasite sensitivity to the mutagen, methyl methanesulfonate and dihydroartemisinin
за авторством: Supawadee Maneekesorn, та інші
Опубліковано: (2021-11-01)

Efficient depletion of host DNA contamination in malaria clinical sequencing.
за авторством: Oyola, S, та інші
Опубліковано: (2013)

Genetic disruption of Plasmodium falciparum Merozoite surface antigen 180 (PfMSA180) suggests an essential role during parasite egress from erythrocytes
за авторством: Vanndita Bahl, та інші
Опубліковано: (2021-09-01)

An effective method to purify Plasmodium falciparum DNA directly from clinical blood samples for whole genome high-throughput sequencing
за авторством: Auburn, S, та інші
Опубліковано: (2011)

Monitoring parasite diversity for malaria elimination in sub-Saharan Africa.
за авторством: Ghansah, A, та інші
Опубліковано: (2014)

Consistent signatures of selection from genomic analysis of pairs of temporal and spatial Plasmodium falciparum populations from The Gambia
за авторством: Amambua-Ngwa, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Drug-resistant genotypes and multi-clonality in Plasmodium falciparum analysed by direct genome sequencing from peripheral blood of malaria patients
за авторством: Robinson, T, та інші
Опубліковано: (2011)

Drug-resistant genotypes and multi-clonality in Plasmodium falciparum analysed by direct genome sequencing from peripheral blood of malaria patients
за авторством: Robinson, T, та інші
Опубліковано: (2011)

Stepwise in vitro screening of MMV pathogen box compounds against Plasmodium falciparum to identify potent antimalarial candidates
за авторством: Haddijatou Mbye, та інші
Опубліковано: (2023-08-01)

Host candidate gene polymorphisms and clearance of drug-resistant Plasmodium falciparum parasites.
за авторством: Diakite, M, та інші
Опубліковано: (2011)

Genome-wide screen identifies new candidate genes associated with artemisinin susceptibility in Plasmodium falciparum in Kenya
за авторством: Borrmann, S, та інші
Опубліковано: (2013)

SNP-o-matic.
за авторством: Manske, H, та інші
Опубліковано: (2009)

A transcriptional switch underlies commitment to sexual development in malaria parasites.
за авторством: Kafsack, B, та інші
Опубліковано: (2014)

Micro-epidemiological structuring of Plasmodium falciparum parasite populations in regions with varying transmission intensities in Africa
за авторством: Omedo, I, та інші
Опубліковано: (2017)

Characterization of within-host Plasmodium falciparum diversity using next-generation sequence data.
за авторством: Auburn, S, та інші
Опубліковано: (2012)

Gene copy number variation throughout the <it>Plasmodium falciparum </it>genome
за авторством: Stewart Lindsay B, та інші
Опубліковано: (2009-08-01)

PB2502: PREVALENCE AND ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY PATTERN OF BACTERIAL PATHOGENS ISOLATED FROM SICKLE CELL PATIENTS ADMITTED AT MRCG WARD FROM 2015 TO 2022
за авторством: Alfred Amambua-Ngwa, та інші
Опубліковано: (2023-08-01)

Long read assemblies of geographically dispersed Plasmodium falciparum isolates reveal highly structured subtelomeres
за авторством: Otto, TD, та інші
Опубліковано: (2018)

Plasmodium malariae and ovale genomes provide insights into malaria parasite evolution
за авторством: Newbold, C, та інші
Опубліковано: (2017)

Whole-genome scans provide evidence of adaptive evolution in Malawian Plasmodium falciparum isolates.
за авторством: Ocholla, H, та інші
Опубліковано: (2014)