Coarse-grained modeling of DNA and DNA nanotechnology

Coarse-grained modeling of DNA and DNA nanotechnology

التفاصيل البيبلوغرافية
المؤلفون الرئيسيون:	Ouldridge, T, Sulc, P, Romano, F, Louis, A, Doye, J
التنسيق:	Conference item
منشور في:	2012

مواد مشابهة

Coarse-graining DNA for simulations of DNA nanotechnology.
حسب: Doye, J, وآخرون
منشور في: (2013)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
حسب: Sulc, P, وآخرون
منشور في: (2012)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
حسب: Šulc, P, وآخرون
منشور في: (2014)

Sequence-dependent thermodynamics of a coarse-grained DNA model.
حسب: Šulc, P, وآخرون
منشور في: (2012)

Optimizing DNA nanotechnology through coarse-grained modeling: a two-footed DNA walker.
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2013)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA.
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2010)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2010)

Coarse-grained simulations of DNA overstretching.
حسب: Romano, F, وآخرون
منشور في: (2013)

A nucleotide-level coarse-grained model of RNA
حسب: Šulc, P, وآخرون
منشور في: (2014)

Structural, mechanical, and thermodynamic properties of a coarse-grained DNA model.
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2011)

Coarse-grained modelling of DNA-RNA hybrids
حسب: Ratajczyk, EJ, وآخرون
منشور في: (2023)

Identifying physical causes of apparent enhanced cyclization of short DNA molecules with a coarse-grained model
حسب: Harrison, R, وآخرون
منشور في: (2019)

Introducing improved structural properties and salt dependence into a coarse-grained model of DNA.
حسب: Snodin, B, وآخرون
منشور في: (2015)

Multi-scale coarse-graining for the study of assembly pathways in DNA-brick self-assembly
حسب: Fonseca, P, وآخرون
منشور في: (2018)

Coarse-grained modelling of DNA and DNA self-assembly
حسب: Ouldridge, T
منشور في: (2011)

Coarse-grained modelling of the structural properties of DNA origami
حسب: Snodin, B, وآخرون
منشور في: (2019)

Free energy landscapes of DNA and its assemblies: perspectives from coarse-grained modelling
حسب: Doye, JPK, وآخرون
منشور في: (2022)

Coarse-Grained Modelling of Extreme DNA Bending
حسب: Harrison, R, وآخرون
منشور في: (2014)

DNA hybridization kinetics: zippering, internal displacement and sequence dependence.
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2013)

Characterizing the motion of jointed DNA nanostructures using a coarse-grained model
حسب: Sharma, R, وآخرون
منشور في: (2017)

Coarse-grained modelling of supercoiled RNA
حسب: Matek, C, وآخرون
منشور في: (2015)

Characterizing DNA Star-Tile-Based Nanostructures Using a Coarse-Grained Model.
حسب: Schreck, J, وآخرون
منشور في: (2016)

DNA hairpins primarily promote duplex melting rather than inhibiting hybridization
حسب: Schreck, J, وآخرون
منشور في: (2014)

Characterizing the bending and flexibility induced by bulges in DNA duplexes.
حسب: Schreck, J, وآخرون
منشور في: (2015)

The role of loop stacking in the dynamics of DNA hairpin formation.
حسب: Mosayebi, M, وآخرون
منشور في: (2014)

The effect of topology on the structure and free energy landscape of DNA kissing complexes.
حسب: Romano, F, وآخرون
منشور في: (2012)

Plectoneme tip bubbles : coupled denaturation and writhing in supercoiled DNA
حسب: Matek, C, وآخرون
منشور في: (2015)

Coarse-grained modelling of nucleic acids
حسب: Sulc, P
منشور في: (2014)

On the biophysics and kinetics of toehold-mediated DNA strand displacement
حسب: Srinivas, N, وآخرون
منشور في: (2013)

The self-assembly of DNA Holliday junctions studied with a minimal model
حسب: Ouldridge, T, وآخرون
منشور في: (2009)

Bottom-up coarse-grained modeling of DNA
حسب: Sun, Tiedong, وآخرون
منشور في: (2021)

Modelling toehold-mediated RNA strand displacement
حسب: Šulc, P, وآخرون
منشور في: (2015)

Direct simulation of the self-assembly of a small DNA origami
حسب: Snodin, BEK, وآخرون
منشور في: (2016)

A Primer on the oxDNA Model of DNA: When to Use it, How to Simulate it and How to Interpret the Results
حسب: A. Sengar, وآخرون
منشور في: (2021-06-01)

Simulating large DNA nanostructures with a coarse-grained model
حسب: Snodin, B
منشور في: (2016)

Coarse-grained modelling of a DNA origami force sensor
حسب: Sen, N
منشور في: (2021)

MARTINI-Based Protein-DNA Coarse-Grained HADDOCKing
حسب: Rodrigo V. Honorato, وآخرون
منشور في: (2019-10-01)

DNA cruciform arms nucleate through a correlated but asynchronous cooperative mechanism.
حسب: Matek, C, وآخرون
منشور في: (2012)

Force-induced rupture of a DNA duplex: from fundamentals to force sensors
حسب: Mosayebi, M, وآخرون
منشور في: (2015)

Influence of ionic conditions on knotting in a coarse-grained model for DNA
حسب: Sarah Wettermann, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)