Force-induced rupture of a DNA duplex: from fundamentals to force sensors

Force-induced rupture of a DNA duplex: from fundamentals to force sensors

The rupture of double-stranded DNA under stress is a key process in biophysics and nanotechnology. In this article, we consider the shear-induced rupture of short DNA duplexes, a system that has been given new importance by recently designed force sensors and nanotechnological devices. We argue that...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Mosayebi, M, Louis, AA, Doye, JPK, Ouldridge, TE
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	American Chemical Society 2015

Những quyển sách tương tự

Measuring internal forces in single-stranded DNA: application to a DNA force clamp
Bằng: Engel, MC, et al.
Được phát hành: (2020)

Free energy landscapes of DNA and its assemblies: perspectives from coarse-grained modelling
Bằng: Doye, JPK, et al.
Được phát hành: (2022)

Characterizing the bending and flexibility induced by bulges in DNA duplexes.
Bằng: Schreck, J, et al.
Được phát hành: (2015)

Direct simulation of the self-assembly of a small DNA origami
Bằng: Snodin, BEK, et al.
Được phát hành: (2016)

Modelling toehold-mediated RNA strand displacement
Bằng: Šulc, P, et al.
Được phát hành: (2015)

Simulation of reversible molecular mechanical logic gates and circuits
Bằng: Seet, I, et al.
Được phát hành: (2023)

The role of loop stacking in the dynamics of DNA hairpin formation.
Bằng: Mosayebi, M, et al.
Được phát hành: (2014)

Self-limiting polymerization of DNA origami subunits with strain accumulation
Bằng: Berengut, JF, et al.
Được phát hành: (2020)

DNA hairpins primarily promote duplex melting rather than inhibiting hybridization
Bằng: Schreck, J, et al.
Được phát hành: (2014)

Force-induced unravelling of DNA origami
Bằng: Engel, M, et al.
Được phát hành: (2018)

The interplay of supercoiling and thymine dimers in DNA
Bằng: Lim, W, et al.
Được phát hành: (2022)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA.
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2010)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2010)

Plectoneme tip bubbles : coupled denaturation and writhing in supercoiled DNA
Bằng: Matek, C, et al.
Được phát hành: (2015)

Structural, mechanical, and thermodynamic properties of a coarse-grained DNA model.
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2011)

Coarse-grained modelling of DNA-RNA hybrids
Bằng: Ratajczyk, EJ, et al.
Được phát hành: (2023)

Modeling multiple duplex DNA attachments in a force-extension experiment
Bằng: Allan Raudsepp, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

The free-energy landscape of a mechanically bistable DNA origami
Bằng: Wong, CK, et al.
Được phát hành: (2022)

Coarse-grained modeling of DNA and DNA nanotechnology
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2012)

The self-assembly of DNA Holliday junctions studied with a minimal model
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2009)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
Bằng: Šulc, P, et al.
Được phát hành: (2014)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
Bằng: Sulc, P, et al.
Được phát hành: (2012)

Coarse-grained simulations of DNA overstretching.
Bằng: Romano, F, et al.
Được phát hành: (2013)

Extracting bulk properties of self-assembling systems from small simulations.
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2010)

DNA hybridization kinetics: zippering, internal displacement and sequence dependence.
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2013)

How Well Can DNA Rupture DNA? Shearing and Unzipping Forces inside DNA Nanostructures
Bằng: Shern Ren Tee, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

The effect of topology on the structure and free energy landscape of DNA kissing complexes.
Bằng: Romano, F, et al.
Được phát hành: (2012)

TacoxDNA: A user-friendly web server for simulations of complex DNA structures, from single strands to origami
Bằng: Suma, A, et al.
Được phát hành: (2019)

DNA cruciform arms nucleate through a correlated but asynchronous cooperative mechanism.
Bằng: Matek, C, et al.
Được phát hành: (2012)

Optimizing DNA nanotechnology through coarse-grained modeling: a two-footed DNA walker.
Bằng: Ouldridge, T, et al.
Được phát hành: (2013)

Identifying physical causes of apparent enhanced cyclization of short DNA molecules with a coarse-grained model
Bằng: Harrison, R, et al.
Được phát hành: (2019)

Characterizing the free-energy landscapes of DNA origamis
Bằng: Wong, CK, et al.
Được phát hành: (2022)

Introducing improved structural properties and salt dependence into a coarse-grained model of DNA.
Bằng: Snodin, B, et al.
Được phát hành: (2015)

DNA-based optical sensors for forces in cytoskeletal networks
Bằng: Jayachandran, C, et al.
Được phát hành: (2023)

Sequence-dependent thermodynamics of a coarse-grained DNA model.
Bằng: Šulc, P, et al.
Được phát hành: (2012)

Chiral shape fluctuations and the origin of chirality in cholesteric phases of DNA origamis
Bằng: Tortora, MMC, et al.
Được phát hành: (2020)

Fundamentals of forced and mixed convection/
Bằng: National Heat Transfer Conference (23rd : 1985 : Denver), et al.
Được phát hành: (1985)

Cooperative control of a DNA origami force sensor
Bằng: Ariel Robbins, et al.
Được phát hành: (2024-02-01)

Multi-scale coarse-graining for the study of assembly pathways in DNA-brick self-assembly
Bằng: Fonseca, P, et al.
Được phát hành: (2018)

Massively parallelized molecular force manipulation with on-demand thermal and optical control
Bằng: Su, H, et al.
Được phát hành: (2021)