Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution

Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution

Bisulfite sequencing has been the gold standard for mapping DNA modifications including 5-methylcytosine (5mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) for decades1,2,3,4. However, this harsh chemical treatment degrades the majority of the DNA and generates sequencing libraries with low complexity2,5,6. H...

সম্পূর্ণ বিবরণ

গ্রন্থ-পঞ্জীর বিবরন
প্রধান লেখক:	Liu, Y, Siejka-Zielinska, P, Velikova, G, Bi, Y, Yuan, F, Tomkova, M, Bai, C, Chen, L, Schuster-Boeckler, B, Song, C
বিন্যাস:	Journal article
প্রকাশিত:	Springer Nature 2019

অনুরূপ উপাদানগুলি

TAPS: a bisulfite-free, base-resolution and quantitative sequencing method for cytosine modifications
অনুযায়ী: Liu, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Subtraction-free and bisulfite-free specific sequencing of 5-methylcytosine and its oxidized derivatives at base resolution
অনুযায়ী: Liu, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Subtraction-free and bisulfite-free specific sequencing of 5-methylcytosine and its oxidized derivatives at base resolution
অনুযায়ী: Yibin Liu, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-01-01)

Enzymatic approaches and bisulfite sequencing cannot distinguish between 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in DNA
অনুযায়ী: Colm Nestor, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2010-04-01)

Bisulfite-free and base-resolution analysis of 5-methylcytidine and 5-hydroxymethylcytidine in RNA with peroxotungstate
অনুযায়ী: Yuan, F, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Accurate measurement of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in human cerebellum DNA by oxidative bisulfite on an array (OxBS-array).
অনুযায়ী: Sarah F Field, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2015-01-01)

5-hydroxymethylcytosine marks regions with reduced mutation frequency
অনুযায়ী: Schuster-Boeckler, P, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016)

The behaviour of 5-hydroxymethylcytosine in bisulfite sequencing.
অনুযায়ী: Yun Huang, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2010-01-01)

5-hydroxymethylcytosine marks regions with reduced mutation frequency in human DNA.
অনুযায়ী: Tomkova, M, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016)

5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine Signatures Underlying Pediatric Cancers
অনুযায়ী: Shalu Jhanwar, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019-05-01)

5-Methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine spatiotemporal profiles in the mouse zygote.
অনুযায়ী: Juliette Salvaing, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012-01-01)

Deciphering TAL effectors for 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine recognition
অনুযায়ী: Yuan Zhang, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017-10-01)

5-hydroxymethylcytosine marks regions with reduced mutation frequency in human DNA
অনুযায়ী: Marketa Tomkova, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016-05-01)

Distribution of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in bovine fetal tissue of the placenta
অনুযায়ী: Anelise S. Mendonça, অন্যান্য

Whole-Genome Sequencing of 5‑Hydroxymethylcytosine at Base Resolution by Bisulfite-Free Single-Step Deamination with Engineered Cytosine Deaminase
অনুযায়ী: Neng-Bin Xie, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-11-01)

Double and single stranded detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine with nanopore sequencing
অনুযায়ী: Dominic Oliver Halliwell, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2025-02-01)

5'-Methylcytosine and 5'-hydroxymethylcytosine each provide epigenetic information to the mouse zygote.
অনুযায়ী: Yan Li, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2013-01-01)

Characterization of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in human placenta cell types across gestation
অনুযায়ী: Rebecca L. Wilson, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019-07-01)

A Novel Application of Mixed Effects Models for Reconciling Base-Pair Resolution 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine Data in Neuroepigenetics
অনুযায়ী: Joseph Kochmanski, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019-09-01)

Development of bisulfite-free DNA methylation sequencing methods and their application to cell-free DNA for cancer detection
অনুযায়ী: Siejka-Zielinska, P
প্রকাশিত: (2020)

TET2 mutations are associated with specific 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine profiles in patients with chronic myelomonocytic leukemia
অনুযায়ী: Pérez, C, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012)

TET2 mutations are associated with specific 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine profiles in patients with chronic myelomonocytic leukemia.
অনুযায়ী: Cristina Pérez, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012-01-01)

Optimized bisulfite sequencing analysis reveals the lack of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA
অনুযায়ী: Zhenyu Shao, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-08-01)

Association of tet methylcytosine dioxygenase 2 and 5-hydroxymethylcytosine in endometrioid adenocarcinoma and its clinical significance
অনুযায়ী: Lei Kuang, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-03-01)

The recognition, generation and detection of 5-hydroxymethylcytosine
অনুযায়ী: Bi, Y
প্রকাশিত: (2020)

Hyperglycemia affects global 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in blood genomic DNA through upregulation of SIRT6 and TETs
অনুযায়ী: Er-Feng Yuan, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019-04-01)

Quantitation and mapping of the epigenetic marker 5-hydroxymethylcytosine
অনুযায়ী: Qing, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

DNA repair enzymes ALKBH2, ALKBH3, and AlkB oxidize 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine in vitro
অনুযায়ী: Bian, Ke, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Use of a Single Sequencing Termination Reaction to Distinguish Between Cytosine and 5-Methylcytosine in Bisulfite-Modified DNA
অনুযায়ী: Zhou Yuanxiang, অন্যান্য
প্রকাশিত: (1997-05-01)

Dysregulation and prognostic potential of 5-methylcytosine (5mC), 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC), and 5-carboxylcytosine (5caC) levels in prostate cancer
অনুযায়ী: Tine Maj Storebjerg, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018-08-01)

Oxygenase catalyzed 5-methylcytosine hydroxylation.
অনুযায়ী: Loenarz, C, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2009)

Modular oxidation of cytosine modifications and their application in direct and quantitative sequencing of 5-hydroxymethylcytosine
অনুযায়ী: Xu, H, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Cell-Free DNA 5-Hydroxymethylcytosine Signatures for Lung Cancer Prognosis
অনুযায়ী: Jianming Shao, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-02-01)

5-Hydroxymethylcytosine signatures in cell-free DNA provide information about tumor types and stages
অনুযায়ী: Song, C, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

5-Hydroxymethylcytosine Loss in Conjunctival Melanoma
অনুযায়ী: Alexandre Stahl, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-06-01)

Base resolution maps reveal the importance of 5-hydroxymethylcytosine in a human glioblastoma
অনুযায়ী: Eun-Ang Raiber, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017-03-01)

Selective Chemical Labeling and Sequencing of 5-Hydroxymethylcytosine in DNA at Single-Base Resolution
অনুযায়ী: Xiaogang Li, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-11-01)

5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) Specific Enrichment
অনুযায়ী: Keith Szulwach, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012-08-01)

Cross-region reduction in 5-hydroxymethylcytosine in Alzheimer's disease brain.
অনুযায়ী: Condliffe, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2014)

Directionality of point mutation and 5-methylcytosine deamination rates in the chimpanzee genome
অনুযায়ী: Zhao Zhongming, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2006-12-01)