RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA-sequencing (RNA-seq) is a widely used approach for accessing the transcriptome in biomedical research. Studies frequently include multiple samples taken from the same individual at various time points or under different conditions, correct assignment of those samples to each particular participa...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Chelysheva, I, Pollard, AJ, O’Connor, D
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	Oxford University Press 2021

Benzer Materyaller

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting.
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

MiRNA-mediated control of HLA-G expression and function.
Yazar:: Irit Manaster, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-01-01)

HLA diversity in the 1000 genomes dataset.
Yazar:: Pierre-Antoine Gourraud, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

Expressions of HLA Class II Genes in Cutaneous Melanoma Were Associated with Clinical Outcome: Bioinformatics Approaches and Systematic Analysis of Public Microarray and RNA-Seq Datasets
Yazar:: Yang-Yi Chen, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-06-01)

Tetrameric complexes of HLA-E, HLA-F, and HLA-G.
Yazar:: Allan, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

HLAProfiler utilizes k-mer profiles to improve HLA calling accuracy for rare and common alleles in RNA-seq data
Yazar:: Martin L. Buchkovich, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-09-01)

Diversity in the HLA-I Recognition of HLA-F Monoclonal Antibodies: HLA-F or HLA-Ib Monospecific, HLA-E or HLA-G Bispecific Antibodies with or without HLA-Ia Reactivity
Yazar:: Mepur H. Ravindranath, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2024-01-01)

RNA splicing analysis using heterogeneous and large RNA-seq datasets
Yazar:: Jorge Vaquero-Garcia, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-03-01)

O sistema HLA <br>The HLA
Yazar:: Aldo Waldrigues
Baskı/Yayın Bilgisi: (1981-11-01)

Discovery of protein-lncRNA interactions by integrating large-scale CLIP-Seq and RNA-Seq datasets
Yazar:: Jun-Hao eLi, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015-01-01)

MicroRNA Variants and HLA-miRNA Interactions are Novel Rheumatoid Arthritis Susceptibility Factors
Yazar:: Shicheng Guo, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-10-01)

HLA*LA—HLA typing from linearly projected graph alignments
Yazar:: Dilthey, AT, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

High resolution allele frequency analysis of HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1, HLA-C, HLA-DQB1 and HLA-DPB1 in Guangdong Cord Blood Bank
Yazar:: RUI Derong, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2024-11-01)

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
Yazar:: Wang, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

An Expanded Role for HLA Genes: HLA-B Encodes a microRNA that Regulates IgA and Other Immune Response Transcripts
Yazar:: Nilesh Chitnis, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-05-01)

Chapter 1 HLA-Mediated Control of HIV and HIV Adaptation to HLA
Yazar:: Payne, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Structure and function of the human MHC class Ib molecules HLA-E, HLA-F and HLA-G.
Yazar:: O'Callaghan, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1998)

Spotlight on systems vaccinology: a novel approach to elucidate correlates of protection
Yazar:: Zhu, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023)

GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure
Yazar:: John A. Hadish, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-05-01)

Targeted RNA-Based Oxford Nanopore Sequencing for Typing 12 Classical HLA Genes
Yazar:: Tiira Johansson, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-03-01)

HLA and non-HLA polymorphisms in renal transplantation
Yazar:: Stéphanie Laperrousaz, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-08-01)

Identification of a novel HLA-A2 subtype, HLA-A*0216.
Yazar:: Barouch, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1995)

High-sensitivity HLA typing by Saturated Tiling Capture Sequencing (STC-Seq)
Yazar:: Yang Jiao, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-01-01)

HLA-H: Transcriptional Activity and HLA-E Mobilization
Yazar:: François Jordier, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-01-01)

Tuning of NK-Specific HLA-C Expression by Alternative mRNA Splicing
Yazar:: Frederick J. Goodson-Gregg, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-01-01)

Statistical HLA type imputation from large and heterogeneous datasets
Yazar:: Dilthey, A
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

DIFFERENTIAL IMPACT OF HLA-A, HLA-B AND HLA-DR COMPATIBILITY ON THE RENAL ALLOGRAFT SURVIVAL
Yazar:: V. Y. Abramov, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-09-01)

Antigens HLA-G, sHLA- G and sHLA- class I in reproductive failure.
Yazar:: Tomasz Plonka, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-04-01)

The Molecular Origin and Consequences of Escape from miRNA Regulation by HLA-C Alleles
Yazar:: O'hUigin, Colm, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
Yazar:: Wenwen Lai, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-05-01)

Symposium 6: HLA and Non-HLA genetic predisposition
Yazar:: Gloria Cerrone
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-11-01)

Elevated neoantigen levels in tumors with somatic mutations in the HLA-A, HLA-B, HLA-C and B2M genes
Yazar:: Andrea Castro, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-07-01)

Identification of presented SARS-CoV-2 HLA class I and HLA class II peptides using HLA peptidomics
Yazar:: Adi Nagler, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-06-01)

IDENTIFICATION OF A NOVEL HLA-A2 SUBTYPE, HLA-A-ASTERISK-0216
Yazar:: Barouch, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1995)

HLA RNA Sequencing With Unique Molecular Identifiers Reveals High Allele-Specific Variability in mRNA Expression
Yazar:: Tiira Johansson, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-02-01)

Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
Yazar:: Inbal Shainer, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-09-01)

RNA-QC-chain: comprehensive and fast quality control for RNA-Seq data
Yazar:: Qian Zhou, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-02-01)

Revisiting the Influence of HLA-type, Frequency, HLA-supertype and Homozygosity on the Immune Control of HIV
Yazar:: Leslie, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

RNA-Seq dataset generated from stimulation of cultured Tc2 cells
Yazar:: Hoyle, R
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021)