Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Our goal was to assess the relationship between membrane protein quality, output from protein quality checkers and output from molecular dynamics (MD) simulations. Membrane transport proteins are essential for a wide range of cellular processes. Structural features of integral membrane proteins are...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Law, R, Capener, C, Baaden, M, Bond, P, Campbell, J, Patargias, G, Arinaminpathy, Y, Sansom, MS
Materyal Türü:	Conference item
Baskı/Yayın Bilgisi:	2005

Benzer Materyaller

Molecular dynamics simulations of GlpF in a micelle vs in a bilayer: conformational dynamics of a membrane protein as a function of environment.
Yazar:: Patargias, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
Yazar:: Faraldo-Gómez, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Yazar:: Baaden, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
Yazar:: Ivetac, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

OmpT: Molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Yazar:: Baaden, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Outer membrane proteins: comparing X-ray and NMR structures by MD simulations in lipid bilayers.
Yazar:: Cox, K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A
Yazar:: Baaden, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Molecular dynamics simulations exploring the KcsA structure
Yazar:: Capener, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

Interdomain dynamics and ligand binding: molecular dynamics simulations of glutamine binding protein.
Yazar:: Pang, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
Yazar:: Lindahl, E, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Molecular dynamics simulations of a K channel model: Sensitivity to changes in ions, waters, and membrane environment
Yazar:: Capener, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

Coarse-grained molecular dynamics simulations of membrane proteins and peptides.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Ion channels: structural bioinformatics and modelling.
Yazar:: Capener, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

Molecular Dynamics simulations of spontaneous micelle formation around membrane proteins.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

A molecular dynamics investigation of mono and dimeric states of the outer membrane enzyme OMPLA.
Yazar:: Baaden, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Coarse-grain simulations of the R-SNARE fusion protein in its membrane environment detect long-lived conformational sub-states.
Yazar:: Durrieu, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Simulations of bacterial outer membrane proteins: Towards an e-outer membrane
Yazar:: Baaden, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Molecular dynamics simulations of the ligand-binding domain of the ionotropic glutamate receptor GluR2.
Yazar:: Arinaminpathy, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

Self-assembly of a simple membrane protein: coarse-grained molecular dynamics simulations of the influenza M2 channel.
Yazar:: Carpenter, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Membrane protein dynamics versus environment: simulations of OmpA in a micelle and in a bilayer.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Yazar:: Stansfeld, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Yazar:: Domene, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Homology modelling and molecular dynamics simulations of a prokaryotic glutamate receptor: GluR0
Yazar:: Arinaminpathy, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

One membrane protein, two structures and six environments: a comparative molecular dynamics simulation study of the bacterial outer membrane protein PagP.
Yazar:: Cox, K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Molecular simulations and lipid-protein interactions: potassium channels and other membrane proteins.
Yazar:: Sansom, MS, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Molecular dynamics simulations of membrane proteins.
Yazar:: Biggin, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

A prokaryotic glutamate receptor: homology modelling and molecular dynamics simulations of GluR0.
Yazar:: Arinaminpathy, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

BioSimGRID: Application to analysis of membrane protein simulations
Yazar:: Sansom, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Comparative molecular dynamics simulations: Glutamate receptors and periplasmic binding proteins
Yazar:: Sansom, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Extending the structure of an ABC transporter to atomic resolution: modeling and simulation studies of MsbA.
Yazar:: Campbell, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Structure and dynamics of K channel pore-lining helices: a comparative simulation study.
Yazar:: Shrivastava, I, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2000)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Binding site flexibility: molecular simulation of partial and full agonists within a glutamate receptor.
Yazar:: Arinaminpathy, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

CGDB: a database of membrane protein/lipid interactions by coarse-grained molecular dynamics simulations.
Yazar:: Chetwynd, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Conformational dynamics of OmpA: MD simulations of a bacterial outer membrane protein
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

A brief history of visualizing membrane systems in molecular dynamics simulations
Yazar:: R. A. Corey, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-05-01)

OmpA: gating and dynamics via molecular dynamics simulations.
Yazar:: Khalid, S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Homology modeling and molecular dynamics simulation studies of an inward rectifier potassium channel.
Yazar:: Capener, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2000)