System and method for multiplexed biomarker quantitation using single cell segmentation on sequentially stained tissue

System and method for multiplexed biomarker quantitation using single cell segmentation on sequentially stained tissue

Improved systems and methods for the analysis of digital images are provided. More particularly, the present disclosure provides for improved systems and methods for the analysis of digital images of biological tissue samples. Exemplary embodiments provide for: i) segmenting, ii) grouping, and iii)...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Santamaria-Pang, A, Rittscher, J, Padfield, D, Can, A, Pang, Z, Bello, M, Ginty, F, Sevinsky, C, Li, Q, Rothney, M, Sarachan, B
Формат:	Patent
Опубліковано:	2015

Схожі ресурси

Highly multiplexed single-cell analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded cancer tissue.
за авторством: Gerdes, M, та інші
Опубліковано: (2013)

Cell segmentation and classification via unsupervised shape ranking
за авторством: Santamaria-Pang, A, та інші
Опубліковано: (2013)

Methods and algorithms for extracting high-content signatures from cells, tissues, and model organisms
за авторством: Rittscher, J, та інші
Опубліковано: (2011)

Tissue segmentation and classification using graph-based unsupervised clustering
за авторством: Margolis, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Comparison of Multiplexed Immunofluorescence Imaging to Chromogenic Immunohistochemistry of Skin Biomarkers in Response to Monkeypox Virus Infection
за авторством: Anup Sood, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Spatio-temporal cell segmentation and tracking for automated screening
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2008)

Quantitative biological studies enabled by robust cell tracking
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2011)

Coupled minimum-cost flow cell tracking for high-throughput quantitative analysis.
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2011)

Quantitative multiplex immunohistochemistry with colorimetric staining (QUIVER) may still benefit from MILAN
за авторством: Maddalena M. Bolognesi, та інші
Опубліковано: (2023-06-01)

Spatial Mapping of Myeloid Cells and Macrophages by Multiplexed Tissue Staining
за авторством: Joshua Saylor, та інші
Опубліковано: (2018-12-01)

Foreign object detection and quantification of fat content using a novel multiplexing electric field sensor
за авторством: Rittscher, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Use of DAPI Staining for Quantitation of Cell Chemotaxis
за авторством: George Boguslawski, та інші
Опубліковано: (2001-01-01)

Virtual multiplexed immunofluorescence staining from non-antibody-stained fluorescence imaging for gastric cancer prognosisResearch in context
за авторством: Zixia Zhou, та інші
Опубліковано: (2024-09-01)

Tree ring segmentation using UNEt TRansformer neural network on stained microsections for quantitative wood anatomy
за авторством: Miguel García-Hidalgo, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Mycobacterium tuberculosis PPD-induced immune biomarkers measurable in vitro following BCG vaccination of UK adolescents by multiplex bead array and intracellular cytokine staining
за авторством: Smith, S, та інші
Опубліковано: (2010)

Coupled minimum-cost flow cell tracking
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2009)

Coupled minimum-cost flow cell tracking.
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2009)

Methods for monitoring cellular motion and function
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2008)

Automated sequential chromogenic IHC double staining with two HRP substrates.
за авторством: Kenneth Heesche Petersen, та інші
Опубліковано: (2018-01-01)

Rapid artefact removal and H&E-stained tissue segmentation
за авторством: B. A. Schreiber, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Can Feulgen Stain be a Reliable Biomarker over PAP Stain for Estimation of Micronuclei Score?
за авторством: Manish Kumar, та інші
Опубліковано: (2016-10-01)

Sequential segmental analysis
за авторством: Anderson Robert, та інші
Опубліковано: (2009-01-01)

Multiplexed Sequential DNA FISH in Caenorhabditis elegans Embryos
за авторством: Ahilya N. Sawh, та інші
Опубліковано: (2020-12-01)

<it>Mycobacterium tuberculosis </it>PPD-induced immune biomarkers measurable <it>in vitro </it>following BCG vaccination of UK adolescents by multiplex bead array and intracellular cytokine staining
за авторством: Worth Andrew, та інші
Опубліковано: (2010-07-01)

Multiplex Sets for the Amplification of Polymorphic Short Tandem Repeat Loci — Silver Stain and Fluorescence Detection
за авторством: Ann M. Lins, та інші
Опубліковано: (1996-05-01)

Automated Prognosis Marker Assessment in Breast Cancers Using BLEACH&STAIN Multiplexed Immunohistochemistry
за авторством: Tim Mandelkow, та інші
Опубліковано: (2023-11-01)

Three-dimensional mapping in multi-samples with large-scale imaging and multiplexed post staining
за авторством: Siqi Chen, та інші
Опубліковано: (2023-02-01)

Multiplex chromogenic immunohistochemistry to stain and analyze paraffin tissue sections from the mouse or human
за авторством: Oscar Maiques, та інші
Опубліковано: (2022-12-01)

The Society for Immunotherapy of Cancer statement on best practices for multiplex immunohistochemistry (IHC) and immunofluorescence (IF) staining and validation
за авторством: Ignacio I Wistuba, та інші
Опубліковано: (2020-05-01)

Multiplexed Electrochemical Immunosensors for Clinical Biomarkers
за авторством: Paloma Yáñez-Sedeño, та інші
Опубліковано: (2017-04-01)

Sequential interactive image segmentation
за авторством: Zheng Lin, та інші
Опубліковано: (2023-07-01)

SHARD: an improved method for staining and visualizing multiplex immunofluorescence in optically cleared postmortem human brain tissue
за авторством: Grace A. Rosen, та інші
Опубліковано: (2024-10-01)

Effectiveness of dual sequential wavelength laser in the treatment of portwine stains – A retrospective study
за авторством: Mohan Kumar Periyasamy, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

Validation methods for cell cycle analysis algorithms in confocal fluorescence images
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2006)

Spatio-temporal cell cycle phase analysis using level sets and fast marching methods.
за авторством: Padfield, D, та інші
Опубліковано: (2009)

Global probabilistic models for enhancing segmentation with convolutional networks
за авторством: Fan, M, та інші
Опубліковано: (2018)

A Novel Image Cytometric Method for Quantitation of Immunohistochemical Staining of Cytoplasmic Antigens
за авторством: M. Guillaud, та інші
Опубліковано: (1997-01-01)

QUANTITATIVE STUDY OF GASTRIC EPITHELIAL LESIONS BY NUCLEOLAR ORGANIZER REGION STAINING
за авторством: M.R. Arab, та інші
Опубліковано: (2004-12-01)

QUANTITATIVE STUDY OF GASTRIC EPITHELIAL LESIONS BY NUCLEOLAR ORGANIZER REGION STAINING
за авторством: M.R. Arab, та інші
Опубліковано: (2004-11-01)

Time-sequential color code division multiplexing holographic display with metasurface
за авторством: Xin Li, та інші
Опубліковано: (2023-08-01)