Rapid genotype imputation from sequence with reference panels

Rapid genotype imputation from sequence with reference panels

Inexpensive genotyping methods are essential to modern genomics. Here we present QUILT, which performs diploid genotype imputation using low-coverage whole-genome sequence data. QUILT employs Gibbs sampling to partition reads into maternal and paternal sets, facilitating rapid haploid imputation usi...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Davies, RW, Kucka, M, Su, D, Shi, S, Flanaghan, M, Cunniff, CM, Chan, YF, Myers, S
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Springer Nature 2021

Những quyển sách tương tự

Rapid genotype imputation from sequence without reference panels
Bằng: Myers, S, et al.
Được phát hành: (2016)

A reference panel of 64,976 haplotypes for genotype imputation
Bằng: Kretzschmar, W, et al.
Được phát hành: (2016)

Rapid, Reference-Free human genotype imputation with denoising autoencoders
Bằng: Raquel Dias, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)

Development and validation of a horse reference panel for genotype imputation
Bằng: Paula Reich, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

PHARP: a pig haplotype reference panel for genotype imputation
Bằng: Zhen Wang, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

A genotype imputation reference panel specific for native Southeast Asian populations
Bằng: Alvin Cengnata, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Author Correction: PHARP: a pig haplotype reference panel for genotype imputation
Bằng: Zhen Wang, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

A population-specific reference panel for improved genotype imputation in African Americans
Bằng: Jared O’Connell, et al.
Được phát hành: (2021-11-01)

Genotype Imputation for Latinos Using the HapMap and 1000 Genomes Project Reference Panels
Bằng: Xiaoyi eGao, et al.
Được phát hành: (2012-06-01)

Comparison of genotype imputation strategies using a combined reference panel for chicken population
Bằng: S. Ye, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

A rapid and reference-free imputation method for low-cost genotyping platforms
Bằng: Vinh Chi Duong, et al.
Được phát hành: (2023-12-01)

Optimizing Selection of the Reference Population for Genotype Imputation From Array to Sequence Variants
Bằng: Adrien M. Butty, et al.
Được phát hành: (2019-05-01)

Development and evaluation of a haplotype reference panel for low-coverage whole genome sequencing genotype imputation in turbot (Scophthalmus maximus)
Bằng: Junwen Cao, et al.
Được phát hành: (2025-04-01)

MergeReference: A Tool for Merging Reference Panels for HLA Imputation
Bằng: Seungho Cook, et al.
Được phát hành: (2017-09-01)

A diverse ancestrally-matched reference panel increases genotype imputation accuracy in a underrepresented population
Bằng: John Mauleekoonphairoj, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

How local reference panels improve imputation in French populations
Bằng: Anthony F. Herzig, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Imputation accuracy of wheat genotyping-by-sequencing (GBS) data using barley and wheat genome references.
Bằng: Hadi Alipour, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Utilizing genotype imputation for the augmentation of sequence data.
Bằng: Brooke L Fridley, et al.
Được phát hành: (2010-06-01)

The size and composition of haplotype reference panels impact the accuracy of imputation from low-pass sequencing in cattle
Bằng: Audald Lloret-Villas, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

Evaluation of imputation performance of multiple reference panels in a Pakistani population
Bằng: Jiayi Xu, et al.
Được phát hành: (2025-04-01)

Reconstruction of private genomes through reference-based genotype imputation
Bằng: Matthew J. Mosca, et al.
Được phát hành: (2023-12-01)

Evaluating Imputation Algorithms for Low-Depth Genotyping-By-Sequencing (GBS) Data.
Bằng: Ariel W Chan, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

Genotype Imputation
Bằng: Marchini, J
Được phát hành: (2011)

Imputation of missing genotypes: an empirical evaluation of IMPUTE
Bằng: Steinberg Martin H, et al.
Được phát hành: (2008-12-01)

Genotype imputation strategies for Portuguese Holstein cattle using different SNP panels
Bằng: Alessandra Alves Silva, et al.
Được phát hành: (2019-09-01)

A reference haplotype panel for genome-wide imputation of short tandem repeats
Bằng: Shubham Saini, et al.
Được phát hành: (2018-10-01)

A globally diverse reference alignment and panel for imputation of mitochondrial DNA variants
Bằng: Tim W. McInerney, et al.
Được phát hành: (2021-09-01)

Rare Variants Imputation in Admixed Populations: Comparison Across Reference Panels and Bioinformatics Tools
Bằng: Sanjeev Sariya, et al.
Được phát hành: (2019-04-01)

Comparison of multiple imputation and other methods for the analysis of imputed genotypes
Bằng: Paul L. Auer, et al.
Được phát hành: (2023-06-01)

Genotype imputation with thousands of genomes.
Bằng: Howie, B, et al.
Được phát hành: (2011)

Improved imputation accuracy of rare and low-frequency variants using population-specific high-coverage WGS-based imputation reference panel
Bằng: Mitt, Mario, et al.
Được phát hành: (2018)

Regional genetic differences among Japanese populations and performance of genotype imputation using whole-genome reference panel of the Tohoku Medical Megabank Project
Bằng: Jun Yasuda, et al.
Được phát hành: (2018-07-01)

Novel methods for genotype imputation to whole-genome sequence and a simple linear model to predict imputation accuracy
Bằng: Steven G. Larmer, et al.
Được phát hành: (2017-12-01)

Inclusion of Population-specific Reference Panel from India to the 1000 Genomes Phase 3 Panel Improves Imputation Accuracy
Bằng: Meraj Ahmad, et al.
Được phát hành: (2017-07-01)

Comparing algorithms for genotype imputation.
Bằng: Marchini, J, et al.
Được phát hành: (2008)

Current software for genotype imputation
Bằng: Ellinghaus David, et al.
Được phát hành: (2009-07-01)

The SWine IMputation (SWIM) haplotype reference panel enables nucleotide resolution genetic mapping in pigs
Bằng: Rongrong Ding, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

The NBDC-DDBJ imputation server facilitates the use of controlled access reference panel datasets in Japan
Bằng: Tsuyoshi Hachiya, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

A multi-breed reference panel and additional rare variants maximize imputation accuracy in cattle
Bằng: Troy N. Rowan, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

Data supporting the high-accuracy haplotype imputation using unphased genotype data as the references
Bằng: Wenzhi Li, et al.
Được phát hành: (2016-09-01)