A method for genome-wide genealogy estimation for thousands of samples

A method for genome-wide genealogy estimation for thousands of samples

Knowledge of genome-wide genealogies for thousands of individuals would simplify most evolutionary analyses for humans and other species, but has remained computationally infeasible. We developed a method, Relate, scaling to > 10,000 sequences while simultaneously estimating branch lengths, m...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Speidel, L, Forest, M, Shi, S, Myers, S
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Springer Nature 2019
Những chủ đề:	population genetics computational biology and bioinformatics genomics

Những quyển sách tương tự

Genealogy estimation for thousands of samples
Bằng: Speidel, L
Được phát hành: (2019)

Protocol for reconstructing ancestral genomes from present-day samples by applying local ancestry inference
Bằng: Xiaoxi Zhang, et al.
Được phát hành: (2025-03-01)

Scalable approaches to inference and analysis of genome-wide genealogies
Bằng: Gunnarsson, ÁF
Được phát hành: (2023)

HSDecipher: A pipeline for comparative genomic analysis of highly similar duplicate genes in eukaryotic genomes
Bằng: Xi Zhang, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Next generation sequencing in disease-relevant tissues
Bằng: Clifford, H
Được phát hành: (2016)

A network-guided protocol to discover susceptibility genes in genome-wide association studies using stability selection
Bằng: Héctor Climente-González, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Computational text analysis for functional genomics and bioinformatics /
Bằng: 203847 Raychaudhuri, Soumya
Được phát hành: (2006)

The chromosome-scale genome of Magnolia officinalis provides insight into the evolutionary position of magnoliids
Bằng: Yanpeng Yin, et al.
Được phát hành: (2021-09-01)

Bioinformatics and functional genomics /
Bằng: 244341 Pevsner, Jonathan
Được phát hành: (2009)

Identification of molecular subtypes of ischaemic stroke based on immune‐related genes and weighted co‐expression network analysis
Bằng: Duncan Wei, et al.
Được phát hành: (2023-04-01)

Estimating dispersal rates and locating genetic ancestors with genome-wide genealogies
Bằng: Matthew Osmond, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Intricacies in arrangement of SNP haplotypes suggest “Great Admixture” that created modern humans
Bằng: Rajib Dutta, et al.
Được phát hành: (2017-06-01)

Grand Challenges in Evolutionary and Population Genetics: The Importance of Integrating Epigenetics, Genomics, Modeling and Experimentation
Bằng: Samuel A Cushman
Được phát hành: (2014-07-01)

Whole-genome DNA methylation and DNA methylation-based biomarkers in lung squamous cell carcinoma
Bằng: Qidong Cai, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

Genome-wide characterization, molecular evolution and expression profiling of the metacaspases in potato (Solanum tuberosum L.)
Bằng: Nehal Dubey, et al.
Được phát hành: (2019-02-01)

Protocol for preparing Drosophila genomic DNA to create chromosome-level de novo genome assemblies
Bằng: Alexis L. Sperling, et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

Bioinformatics -- from genomes to drugs /
Bằng: Lengauer, Thomas
Được phát hành: (2002)

Genome annotation errors and how to fix them
Bằng: Dunne, M
Được phát hành: (2018)

De novo assembly and characterizing of the culm-derived meta-transcriptome from the polyploid sugarcane genome based on coding transcripts
Bằng: Nam V. Hoang, et al.
Được phát hành: (2018-03-01)

Multi-trait genome-wide association study identifies a novel endometrial cancer risk locus that associates with testosterone levels
Bằng: Xuemin Wang, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

Comparing genomes: databases and computational tools for comparative analysis of prokaryotic genomes - DOI: 10.3395/reciis.v1i2.Sup.105en
Bằng: Marcos Catanho, et al.
Được phát hành: (2007-12-01)

A protocol for applying a population-specific reference genome assembly to population genetics and medical studies
Bằng: Lian Deng, et al.
Được phát hành: (2022-06-01)

Functional analysis of glial genome-wide expression
Bằng: Diego Forero
Được phát hành: (2015-02-01)

Protocol to analyze population structure and migration history based on human genome variation data
Bằng: Zicheng Zhao, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Bioinformatics and functional genomics /
Bằng: Pevsner, Jonathan, 1961-
Được phát hành: (2003)

Annotating new genes : from in silico screening to experimental validation /
Bằng: Uchida, Shizuka
Được phát hành: (2012)

Clinical bioinformatics /
Bằng: Trent, R. J.
Được phát hành: (2008)

Computational Biology of Non-Coding RNA : Methods and Protocols /
Bằng: Lai, Xin, editor 636268, et al.
Được phát hành: (2019)

Intragenomic diversity of the V9 hypervariable domain in eukaryotes has little effect on metabarcoding
Bằng: Olga Flegontova, et al.
Được phát hành: (2023-08-01)

Simultaneous estimation of population size changes and splits times using importance sampling
Bằng: Forest, M
Được phát hành: (2014)

And Littler Genomes inside 'Em: Clues to a Parasitic Nematode's Bacterial Partnership
Được phát hành: (2005-01-01)

Protein fold evolution on completed genomes: distinguishing between young and old folds
Bằng: Abeln, S, et al.
Được phát hành: (2007)

Inferring population histories for ancient genomes using genome-wide genealogies
Bằng: Speidel, L, et al.
Được phát hành: (2021)

Single cell genomics applications in forensic science: Current state and future directions
Bằng: Kaitlin Huffman, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

The <italic>Wolbachia</italic> Genome of <italic>Brugia malayi:</italic> Endosymbiont Evolution within a Human Pathogenic Nematode
Bằng: Foster Jeremy, et al.
Được phát hành: (2005-01-01)

The Logic of Chance: The nature and origin of biological evolution. Eugene V. Koonin.
Bằng: Richard D Emes
Được phát hành: (2012-07-01)

Gene presence/absence variation in Mytilus galloprovincialis and its implications in gene expression and adaptation
Bằng: Amaro Saco, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

Systems biology : properties of reconstructed networks /
Bằng: 388038 Palsson, Bernhard O.
Được phát hành: (2006)

Pan-genomic analysis of clonal bacterial samples using nanopore reads and genome graphs
Bằng: Colquhoun, R
Được phát hành: (2019)

Data literacy in genome research
Bằng: Wolff Katharina, et al.
Được phát hành: (2023-12-01)