Advanced methods and algorithms for biological networks analysis

Advanced methods and algorithms for biological networks analysis

Modeling and analysis of complex biological networks presents a number of mathematical challenges. For the models to be useful from a biological standpoint, they must be systematically compared with data. Robustness is a key to biological understanding and proper feedback to guide experiments, inclu...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	El-Samad, H, Prajna, S, Papachristodoulou, A, Doyle, J, Khammash, M
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	2006

Схожі ресурси

Model validation and robust stability analysis of the bacterial heat shock response using SOSTOOLS
за авторством: El-Samad, H, та інші
Опубліковано: (2003)

Stochastic reachability analysis in complex biological networks
за авторством: El-Samad, H, та інші
Опубліковано: (2006)

Challenges at the interface of control engineering and synthetic biology
за авторством: Steel, H, та інші
Опубліковано: (2018)

Algorithms for discriminating between biochemical reaction network models: Towards systematic experimental design
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2007)

Analysis of switched and hybrid systems - Beyond piecewise quadratic methods
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2003)

Reverse engineering: the architecture of biological networks
за авторством: Mustafa Khammash
Опубліковано: (2008-03-01)

Robust Stability Analysis of Nonlinear Hybrid Systems.
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2009)

Analysis of non-polynomial systems using the sum of squares decomposition
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2005)

Tutorial on sum of squares techniques for systems analysis
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2005)

Methodological frameworks for large-scale network analysis and design.
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2004)

SOS for Nonlinear Delayed Models in Biology and Networking
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2009)

Efficient, sparse biological network determination
за авторством: August, E, та інші
Опубліковано: (2009)

Advanced methods for gene network identification and noise decomposition from single-cell data
за авторством: Zhou Fang, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

On the construction of Lyapunov functions using the sum of squares decomposition
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2002)

Nonlinear control synthesis by sum of squares optimization: A Lyapunov-based approach
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2004)

Discriminating between rival biochemical network models: three approaches to optimal experiment design
за авторством: Mélykúti, B, та інші
Опубліковано: (2010)

Model decomposition and reduction tools for large-scale networks in systems biology.
за авторством: Anderson, J, та інші
Опубліковано: (2011)

Parameter estimation and model selection in computational biology.
за авторством: Gabriele Lillacci, та інші
Опубліковано: (2010-03-01)

On validation and invalidation of biological models
за авторством: Anderson, J, та інші
Опубліковано: (2009)

SOSTOOLS and its control applications
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2005)

SOSTOOLS: Control applications and new developments
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2004)

Introducing SOSTOOLS: A general purpose sum of squares programming solver
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2002)

Feedback Control and Synthetic Biology: Constraints on Design
за авторством: Steel, H, та інші
Опубліковано: (2017)

Module-based analysis of robustness tradeoffs in the heat shock response system.
за авторством: Hiroyuki Kurata, та інші
Опубліковано: (2006-07-01)

Analysis of nonlinear delay differential equation models of TCP/AQM protocols using sums of squares
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2004)

Low-burden biological feedback controllers for near-perfect adaptation
за авторством: Steel, H, та інші
Опубліковано: (2019)

Design constraints for biological systems that achieve adaptation and disturbance rejection
за авторством: Steel, H, та інші
Опубліковано: (2018)

New developments in sum of squares optimization and SOSTOOLS
за авторством: Prajna, S, та інші
Опубліковано: (2004)

In situ characterisation and manipulation of biological systems with Chi.Bio - Design Files
за авторством: Steel, H, та інші
Опубліковано: (2020)

Algorithmic construction of lyapunov functions for power system stability analysis
за авторством: Anghel, M, та інші
Опубліковано: (2013)

Algorithmic Construction of Lyapunov Functions for Power System Stability Analysis.
за авторством: Anghel, M, та інші
Опубліковано: (2013)

Stability analysis of power systems using network decomposition and local gain analysis
за авторством: Anghel, M, та інші
Опубліковано: (2013)

On validation and invalidation of biological models
за авторством: Anderson James, та інші
Опубліковано: (2009-05-01)

A structured model reduction method for large scale networks.
за авторством: Chu, B, та інші
Опубліковано: (2011)

Structured sum of squares for networked systems analysis.
за авторством: Hancock, E, та інші
Опубліковано: (2011)

A loop shaping approach for designing biological circuits.
за авторством: Dolan, J, та інші
Опубліковано: (2012)

Global Stability Analysis of a TCP/AQM protocol for arbitrary networks with delay
за авторством: Papachristodoulou, A, та інші
Опубліковано: (2004)

sbml-diff: A tool for visually comparing SBML models in synthetic biology.
за авторством: Scott-Brown, J, та інші
Опубліковано: (2016)

Likelihood-free nested sampling for parameter inference of biochemical reaction networks.
за авторством: Jan Mikelson, та інші
Опубліковано: (2020-10-01)

A Network Decomposition Approach for Efficient Sum of Squares Programming Based Analysis
за авторством: Anderson, J, та інші
Опубліковано: (2010)