Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers

Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers

Epithelial cancers are typically heterogeneous with primary prostate cancer being a typical example of histological and genomic variation. Prior studies of primary prostate cancer tumour genetics revealed extensive inter and intra-patient genomic tumour heterogeneity. Recent advances in machine lear...

সম্পূর্ণ বিবরণ

গ্রন্থ-পঞ্জীর বিবরন
প্রধান লেখক:	Erickson, A, Figiel, S, Rajakumar, T, Rao, S, Yin, W, Doultsinos, D, Magnussen, A, Singh, R, Poulose, N, Bryant, RJ, Cussenot, O, Hamdy, FC, Woodcock, D, Mills, IG, Lamb, AD
বিন্যাস:	Journal article
ভাষা:	English
প্রকাশিত:	Public Library of Science 2025

অনুরূপ উপাদানগুলি

Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers.
অনুযায়ী: Andrew Erickson, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2025-01-01)

A systematic review of prostate cancer heterogeneity: understanding the clonal ancestry of multifocal disease
অনুযায়ী: Erickson, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Spatial transcriptomic analysis of virtual prostate biopsy reveals confounding effect of tissue heterogeneity on genomic signatures
অনুযায়ী: Figiel, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue
অনুযায়ী: Erickson, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Spatial transcriptomic analysis of virtual prostate biopsy reveals confounding effect of tissue heterogeneity on genomic signatures
অনুযায়ী: Sandy Figiel, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-10-01)

Derivation and application of molecular signatures to prostate cancer: Opportunities and challenges
অনুযায়ী: Doultsinos, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Harnessing the power of RNA in determining the origin of lethal micro-metastatic prostate cancer
অনুযায়ী: A.M. Erickson, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020-07-01)

Genomic evolution and transcriptional changes in the evolution of prostate cancer into neuroendocrine and ductal carcinoma types
অনুযায়ী: Rao, SR, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post-radiotherapy, and those with de novo metastatic disease
অনুযায়ী: Charlton, P, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Ductal adenocarcinoma of the prostate: A systematic review and meta‐analysis of incidence, presentation, prognosis, and management
অনুযায়ী: Ranasinha, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post-radiotherapy, and those with de novo metastatic disease
অনুযায়ী: Charlton, PV, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

The role of the androgen receptor as a driver and mitigator of cellular stress
অনুযায়ী: Doultsinos, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Conifer: clonal tree inference for tumor heterogeneity with single-cell and bulk sequencing data
অনুযায়ী: Leila Baghaarabani, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-08-01)

Molecular Anatomy of Prostate Cancer and Its Implications in Active Surveillance and Early Intervention Strategies
অনুযায়ী: Sandy Figiel, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-10-01)

Vascular normalisation as the stepping stone into tumour microenvironment transformation
অনুযায়ী: Magnussen, AL, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Inhibition of CDK9 activity compromises global splicing in prostate cancer cells
অনুযায়ী: Hu, Q, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Investigating tumour immune microenvironment effects of hypofractionated radiotherapy +/- immune checkpoint blockade in immunocompetent pre-clinical prostate cancer models
অনুযায়ী: Y Philippou, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020-07-01)

Impacts of combining anti-PD-L1 immunotherapy and radiotherapy on the tumour immune microenvironment in a murine prostate cancer model
অনুযায়ী: Philippou, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

First report of prostate-specific membrane antigen-targeted immunotherapy in prostate cancer: the future is bright
অনুযায়ী: Lamb, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

Clonal approaches to immune regulation by lymphocytes.
অনুযায়ী: Feldmann, M, অন্যান্য
প্রকাশিত: (1984)

Bulk solids handling : an introduction to the practice and technology/
অনুযায়ী: Woodcock, C. R., অন্যান্য
প্রকাশিত: (1987)

O-GlcNAc transferase maintains metabolic homeostasis in response to CDK9 inhibition
অনুযায়ী: Gondane, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Computational validation of clonal and subclonal copy number alterations from bulk tumor sequencing using CNAqc
অনুযায়ী: Alice Antonello, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-01-01)

Computational Reconstruction of Clonal Hierarchies From Bulk Sequencing Data of Acute Myeloid Leukemia Samples
অনুযায়ী: Thomas Stiehl, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-08-01)

Implications of celebrity endorsement of prostate cancer awareness in a tertiary referral unit – the ‘Fry‐Turnbull’ effect
অনুযায়ী: Lovegrove, CE, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Bulk T-cell receptor sequencing confirms clonality in obstetric antiphospholipid syndrome and may as a potential biomarker
অনুযায়ী: Qi Liu, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-12-01)

Evaluating statistical approaches to define clonal origin of tumours using bulk DNA sequencing: context is everything
অনুযায়ী: Tanjina Kader, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022-02-01)

Analysis of Pathology of RObotic NErve-sparing (PRONE) radical prostatectomy: Does quantification of excised nerve bundles correlate with degree of nerve-spare and functional outcomes?
অনুযায়ী: C. Verrill, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020-07-01)

Harnessing the potential of multimodal radiotherapy in prostate cancer
অনুযায়ী: Philippou, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Perspectives on technology - prostate cancer: is local anaesthetic transperineal prostate biopsy really better than transrectal biopsy?
অনুযায়ী: Berridge, C, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Failure of phylogeny inferred from multilocus sequence typing to represent bacterial phylogeny
অনুযায়ী: Alan K. L. Tsang, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017-07-01)

CDK9 inhibition activates innate immune response through viral mimicry
অনুযায়ী: Yalala, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Comparative phylogenies of yellow fever isolates from Peru and Brazil.
অনুযায়ী: Bryant, J, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2003)

The architecture of clonal expansions in morphologically normal tissue from cancerous and non-cancerous prostates
অনুযায়ী: Buhigas, C, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Anti-tumor memory CD4 and CD8 T-cells quantified by bulk T-cell receptor (TCR) clonal analysis
অনুযায়ী: Yanhua Gao, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-03-01)

Diagnostic pathways for screen-detected prostate cancer: The plot thickens
অনুযায়ী: Hamdy, F, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
অনুযায়ী: Didelot, X, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2015)

Statistical analysis plan for the TRANSLATE (TRANSrectal biopsy versus Local Anaesthetic Transperineal biopsy Evaluation of potentially clinically significant prostate cancer) multicentre randomised controlled trial
অনুযায়ী: Marian, IR, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Inferring phylogenies from RAD sequence data.
অনুযায়ী: Benjamin E R Rubin, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012-01-01)

Bootstrapping phylogenies inferred from rearrangement data
অনুযায়ী: Lin Yu, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2012-08-01)