Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers

Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers

Epithelial cancers are typically heterogeneous with primary prostate cancer being a typical example of histological and genomic variation. Prior studies of primary prostate cancer tumour genetics revealed extensive inter and intra-patient genomic tumour heterogeneity. Recent advances in machine lear...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Erickson, A, Figiel, S, Rajakumar, T, Rao, S, Yin, W, Doultsinos, D, Magnussen, A, Singh, R, Poulose, N, Bryant, RJ, Cussenot, O, Hamdy, FC, Woodcock, D, Mills, IG, Lamb, AD
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Public Library of Science 2025

Схожі ресурси

Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers.
за авторством: Andrew Erickson, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

A systematic review of prostate cancer heterogeneity: understanding the clonal ancestry of multifocal disease
за авторством: Erickson, A, та інші
Опубліковано: (2021)

Spatial transcriptomic analysis of virtual prostate biopsy reveals confounding effect of tissue heterogeneity on genomic signatures
за авторством: Figiel, S, та інші
Опубліковано: (2023)

Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue
за авторством: Erickson, A, та інші
Опубліковано: (2022)

Spatial transcriptomic analysis of virtual prostate biopsy reveals confounding effect of tissue heterogeneity on genomic signatures
за авторством: Sandy Figiel, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)

Derivation and application of molecular signatures to prostate cancer: Opportunities and challenges
за авторством: Doultsinos, D, та інші
Опубліковано: (2021)

Harnessing the power of RNA in determining the origin of lethal micro-metastatic prostate cancer
за авторством: A.M. Erickson, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Genomic evolution and transcriptional changes in the evolution of prostate cancer into neuroendocrine and ductal carcinoma types
за авторством: Rao, SR, та інші
Опубліковано: (2023)

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post-radiotherapy, and those with de novo metastatic disease
за авторством: Charlton, P, та інші
Опубліковано: (2023)

Ductal adenocarcinoma of the prostate: A systematic review and meta‐analysis of incidence, presentation, prognosis, and management
за авторством: Ranasinha, N, та інші
Опубліковано: (2021)

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post-radiotherapy, and those with de novo metastatic disease
за авторством: Charlton, PV, та інші
Опубліковано: (2024)

The role of the androgen receptor as a driver and mitigator of cellular stress
за авторством: Doultsinos, D, та інші
Опубліковано: (2020)

Conifer: clonal tree inference for tumor heterogeneity with single-cell and bulk sequencing data
за авторством: Leila Baghaarabani, та інші
Опубліковано: (2021-08-01)

Molecular Anatomy of Prostate Cancer and Its Implications in Active Surveillance and Early Intervention Strategies
за авторством: Sandy Figiel, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)

Vascular normalisation as the stepping stone into tumour microenvironment transformation
за авторством: Magnussen, AL, та інші
Опубліковано: (2021)

Inhibition of CDK9 activity compromises global splicing in prostate cancer cells
за авторством: Hu, Q, та інші
Опубліковано: (2021)

Investigating tumour immune microenvironment effects of hypofractionated radiotherapy +/- immune checkpoint blockade in immunocompetent pre-clinical prostate cancer models
за авторством: Y Philippou, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Impacts of combining anti-PD-L1 immunotherapy and radiotherapy on the tumour immune microenvironment in a murine prostate cancer model
за авторством: Philippou, Y, та інші
Опубліковано: (2020)

First report of prostate-specific membrane antigen-targeted immunotherapy in prostate cancer: the future is bright
за авторством: Lamb, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Clonal approaches to immune regulation by lymphocytes.
за авторством: Feldmann, M, та інші
Опубліковано: (1984)

Bulk solids handling : an introduction to the practice and technology/
за авторством: Woodcock, C. R., та інші
Опубліковано: (1987)

O-GlcNAc transferase maintains metabolic homeostasis in response to CDK9 inhibition
за авторством: Gondane, A, та інші
Опубліковано: (2022)

Computational validation of clonal and subclonal copy number alterations from bulk tumor sequencing using CNAqc
за авторством: Alice Antonello, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Computational Reconstruction of Clonal Hierarchies From Bulk Sequencing Data of Acute Myeloid Leukemia Samples
за авторством: Thomas Stiehl, та інші
Опубліковано: (2021-08-01)

Implications of celebrity endorsement of prostate cancer awareness in a tertiary referral unit – the ‘Fry‐Turnbull’ effect
за авторством: Lovegrove, CE, та інші
Опубліковано: (2020)

Bulk T-cell receptor sequencing confirms clonality in obstetric antiphospholipid syndrome and may as a potential biomarker
за авторством: Qi Liu, та інші
Опубліковано: (2024-12-01)

Evaluating statistical approaches to define clonal origin of tumours using bulk DNA sequencing: context is everything
за авторством: Tanjina Kader, та інші
Опубліковано: (2022-02-01)

Analysis of Pathology of RObotic NErve-sparing (PRONE) radical prostatectomy: Does quantification of excised nerve bundles correlate with degree of nerve-spare and functional outcomes?
за авторством: C. Verrill, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Harnessing the potential of multimodal radiotherapy in prostate cancer
за авторством: Philippou, Y, та інші
Опубліковано: (2020)

Perspectives on technology - prostate cancer: is local anaesthetic transperineal prostate biopsy really better than transrectal biopsy?
за авторством: Berridge, C, та інші
Опубліковано: (2024)

Failure of phylogeny inferred from multilocus sequence typing to represent bacterial phylogeny
за авторством: Alan K. L. Tsang, та інші
Опубліковано: (2017-07-01)

CDK9 inhibition activates innate immune response through viral mimicry
за авторством: Yalala, S, та інші
Опубліковано: (2024)

Comparative phylogenies of yellow fever isolates from Peru and Brazil.
за авторством: Bryant, J, та інші
Опубліковано: (2003)

The architecture of clonal expansions in morphologically normal tissue from cancerous and non-cancerous prostates
за авторством: Buhigas, C, та інші
Опубліковано: (2022)

Anti-tumor memory CD4 and CD8 T-cells quantified by bulk T-cell receptor (TCR) clonal analysis
за авторством: Yanhua Gao, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Diagnostic pathways for screen-detected prostate cancer: The plot thickens
за авторством: Hamdy, F, та інші
Опубліковано: (2017)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2015)

Statistical analysis plan for the TRANSLATE (TRANSrectal biopsy versus Local Anaesthetic Transperineal biopsy Evaluation of potentially clinically significant prostate cancer) multicentre randomised controlled trial
за авторством: Marian, IR, та інші
Опубліковано: (2024)

Inferring phylogenies from RAD sequence data.
за авторством: Benjamin E R Rubin, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Bootstrapping phylogenies inferred from rearrangement data
за авторством: Lin Yu, та інші
Опубліковано: (2012-08-01)