Rapid genotype imputation from sequence with reference panels

Rapid genotype imputation from sequence with reference panels

Inexpensive genotyping methods are essential to modern genomics. Here we present QUILT, which performs diploid genotype imputation using low-coverage whole-genome sequence data. QUILT employs Gibbs sampling to partition reads into maternal and paternal sets, facilitating rapid haploid imputation usi...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Davies, RW, Kucka, M, Su, D, Shi, S, Flanaghan, M, Cunniff, CM, Chan, YF, Myers, S
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	Springer Nature 2021

Benzer Materyaller

Rapid genotype imputation from sequence without reference panels
Yazar:: Myers, S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

A reference panel of 64,976 haplotypes for genotype imputation
Yazar:: Kretzschmar, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Rapid, Reference-Free human genotype imputation with denoising autoencoders
Yazar:: Raquel Dias, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-09-01)

Development and validation of a horse reference panel for genotype imputation
Yazar:: Paula Reich, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-07-01)

PHARP: a pig haplotype reference panel for genotype imputation
Yazar:: Zhen Wang, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-07-01)

A genotype imputation reference panel specific for native Southeast Asian populations
Yazar:: Alvin Cengnata, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2024-10-01)

Author Correction: PHARP: a pig haplotype reference panel for genotype imputation
Yazar:: Zhen Wang, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-08-01)

A population-specific reference panel for improved genotype imputation in African Americans
Yazar:: Jared O’Connell, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-11-01)

Genotype Imputation for Latinos Using the HapMap and 1000 Genomes Project Reference Panels
Yazar:: Xiaoyi eGao, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-06-01)

Comparison of genotype imputation strategies using a combined reference panel for chicken population
Yazar:: S. Ye, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-01-01)

A rapid and reference-free imputation method for low-cost genotyping platforms
Yazar:: Vinh Chi Duong, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-12-01)

Optimizing Selection of the Reference Population for Genotype Imputation From Array to Sequence Variants
Yazar:: Adrien M. Butty, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-05-01)

Development and evaluation of a haplotype reference panel for low-coverage whole genome sequencing genotype imputation in turbot (Scophthalmus maximus)
Yazar:: Junwen Cao, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2025-04-01)

MergeReference: A Tool for Merging Reference Panels for HLA Imputation
Yazar:: Seungho Cook, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-09-01)

A diverse ancestrally-matched reference panel increases genotype imputation accuracy in a underrepresented population
Yazar:: John Mauleekoonphairoj, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-07-01)

How local reference panels improve imputation in French populations
Yazar:: Anthony F. Herzig, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2024-01-01)

Imputation accuracy of wheat genotyping-by-sequencing (GBS) data using barley and wheat genome references.
Yazar:: Hadi Alipour, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-01-01)

Utilizing genotype imputation for the augmentation of sequence data.
Yazar:: Brooke L Fridley, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010-06-01)

The size and composition of haplotype reference panels impact the accuracy of imputation from low-pass sequencing in cattle
Yazar:: Audald Lloret-Villas, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-05-01)

Evaluation of imputation performance of multiple reference panels in a Pakistani population
Yazar:: Jiayi Xu, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2025-04-01)

Reconstruction of private genomes through reference-based genotype imputation
Yazar:: Matthew J. Mosca, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-12-01)

Evaluating Imputation Algorithms for Low-Depth Genotyping-By-Sequencing (GBS) Data.
Yazar:: Ariel W Chan, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016-01-01)

Genotype Imputation
Yazar:: Marchini, J
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Imputation of missing genotypes: an empirical evaluation of IMPUTE
Yazar:: Steinberg Martin H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-12-01)

Genotype imputation strategies for Portuguese Holstein cattle using different SNP panels
Yazar:: Alessandra Alves Silva, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-09-01)

A reference haplotype panel for genome-wide imputation of short tandem repeats
Yazar:: Shubham Saini, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-10-01)

A globally diverse reference alignment and panel for imputation of mitochondrial DNA variants
Yazar:: Tim W. McInerney, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-09-01)

Rare Variants Imputation in Admixed Populations: Comparison Across Reference Panels and Bioinformatics Tools
Yazar:: Sanjeev Sariya, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-04-01)

Comparison of multiple imputation and other methods for the analysis of imputed genotypes
Yazar:: Paul L. Auer, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-06-01)

Genotype imputation with thousands of genomes.
Yazar:: Howie, B, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Improved imputation accuracy of rare and low-frequency variants using population-specific high-coverage WGS-based imputation reference panel
Yazar:: Mitt, Mario, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Regional genetic differences among Japanese populations and performance of genotype imputation using whole-genome reference panel of the Tohoku Medical Megabank Project
Yazar:: Jun Yasuda, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-07-01)

Novel methods for genotype imputation to whole-genome sequence and a simple linear model to predict imputation accuracy
Yazar:: Steven G. Larmer, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-12-01)

Inclusion of Population-specific Reference Panel from India to the 1000 Genomes Phase 3 Panel Improves Imputation Accuracy
Yazar:: Meraj Ahmad, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-07-01)

Comparing algorithms for genotype imputation.
Yazar:: Marchini, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Current software for genotype imputation
Yazar:: Ellinghaus David, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009-07-01)

The SWine IMputation (SWIM) haplotype reference panel enables nucleotide resolution genetic mapping in pigs
Yazar:: Rongrong Ding, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-05-01)

The NBDC-DDBJ imputation server facilitates the use of controlled access reference panel datasets in Japan
Yazar:: Tsuyoshi Hachiya, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-12-01)

A multi-breed reference panel and additional rare variants maximize imputation accuracy in cattle
Yazar:: Troy N. Rowan, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-12-01)

Data supporting the high-accuracy haplotype imputation using unphased genotype data as the references
Yazar:: Wenzhi Li, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016-09-01)